熊荣川

xiong rongchuan

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

生物信息学可以根据已有的数据对蛋白质的信息进行预测. 再此介绍一个运行速度很快而且也比较权威的在线工具ProtParam

网址: http://web.expasy.org/protparam/

其网站上功能介绍如下:

ProtParam (References / Documentation) is a tool which allows the computation of various physical and chemical parameters for a given protein stored in Swiss-Prot or TrEMBL or for a user entered sequence. The computed parameters include the molecular weight, theoretical pI, amino acid composition, atomic composition, extinction coefficient, estimated half-life, instability index, aliphatic index and grand average of hydropathicity (GRAVY) (Disclaimer).

只要在数据框中粘贴你的氨基酸序列并提交, 即可预测该该蛋白质的相关信息. 如等电点、分子量、分子式、不稳定系数(instability index, <40为稳定, >40为不稳定)

预测蛋白质功能作用位点的在线工具

http://myhits.isb-sib.ch/cgi-bin/motif_scan

在数据框中输入一定格式的氨基酸序列(具体可以先观察其带的例子),在数据框下面复选参考数据库,然后搜索.

可以查看类似蛋白激酶磷酸化位点之类的信息.