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Raxml 可视化软件raxmlGUI

已有 12070 次阅读 2013-4-16 10:34 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| 软件, 可视化, RAxML, 系统发育树, raxmlGUI

熊荣川

xiong rongchuan

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

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Raxml在处理大数据,构建基于ML方法的发育树方面具有快速准确的有点。然而繁琐的命令总让人头痛。Silvestro, D. and I. Michalak (2012).[ "raxmlGUI: a graphical front-end for RAxML." Organisms Diversity & Evolution 12(4): 335-337.] 开发的可视化软件成功的解决了这一难题。

在官网上下载程序包,解压后可以双击“raxmlGUI.py”直接使用。

有两点值得注意:


1、你的系统必须安装有Python,

     而且不支持phthon 3.0以上的版本,我下载使用2.6.6版本亲测可用。

http://www.python.org/download/releases/2.6.6/  

2、比对好的序列文件须是phy格式,且放在非中文路径上。

3、可用clustalX把fasta格式文件转换为phy格式文件。

4、加载的序列存在路劲上不能有中文。

5、phython和raxmlgui必须安装在同一路径下。



http://wap.sciencenet.cn/blog-508298-680618.html

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1 焦银山

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