在seqman中显示局部峰图

熊荣川

xiong rongchuan

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

通常测序仪得到的DNA数据会在两端出现信号很差的碱基序列，对付这种片段通常会使用seqman中的trimends功能进行自动切除。然后往往即使使用这个功能之后还是难以避免一些冲突点的出现，这会使得拼接的序列在点位出现简并碱基符号（用一个字符代表不止一种的碱基，如下图）。这个使用需要核实序列的峰图在两个碱基之间取舍

 为了图文并貌，请下载pdf观看

下图是一个个例：2652位 一个是空格，一个是A，怎么拼接结果是C？

这种时候我们当然不能简单的把它改成A或者空格。需要查看峰图进行判别。

方法为在最上面一行（拼接结果行）选择需要查看的区域，并点击右键

在弹出的菜单中选择“show original trace data”，峰图就出来了，调整个峰图位置，使其并列更宜于观看

就这么简单，祝您科研愉快！