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基于Ubuntu18.04安装Gamit10.71

已有 3975 次阅读 2020-5-25 17:15 |个人分类:gamit|系统分类:科研笔记

1、          安装 TC Shell

Ubuntu 操作系统没有默认安装 C Shell TC Shell 解释器,要运行 GAMIT/GLOBK 软件,这是必不可少的组件。因此我们首先安装 TC Shell 解释器。在终端中执行以下命令:

       sudo apt-get install tcsh

2、          安装gcc

在终端中执行下面的命令以安装 gcc

       sudo apt-get install gcc

3、          安装 libx11-dev

在终端中执行下面的命令以安装 libx11-dev

sudo apt-get install libx11-dev

4、          安装 GNU-Fortran-6

需要注意的是,gfortran 7 的一个 Bug 会导致编译 GAMIT 10.71 时出现错误,造成安装失败。因此如果你使用的操作系统基于 Ununtu 18.04 LTS 并且要编译 GAMIT 10.71,则不能安装其默认的 gfortran 7。可以使用如下命令安装 gfortran 6

       sudo apt-get install gfortran-6

然后使用如下命令创建指向 gfortran-6 的软链接:

       cd /usr/bin

       sudo ln -s gfortran-6 gfortran

5、          安装 FTP 工具

FTP 客户端工具主要用于被 GAMIT 的数据下载脚本所调用,没有这个程序将无法使用数据下载脚本,执行下面的命令安装 FTP 客户端:

       sudo apt-get install ftp

6、          编译安装 GAMIT/GLOBK

6.1    为安装包分配权限

将解压之后的 GAMIT/GLOBK 程序安装包拷贝到你想安装至的位置,此处以 /opt 目录为例。首先利用U盘或者直接从宿主电脑上将gamit10.71安装包拷贝至linux桌面,然后cd命令进入桌面,输入命令:

       mv gamit10.71 /opt/

使用 cd 命令进入 /opt 目录,执行命令:

       sudo chmod 755 -R gamit10.71

该命令将为 gamit10.71文件夹下的文件分配可执行权限。

6.2    进行安装

进入 gamit 文件夹,执行安装脚本:

       ./install_software

此时,GAMIT/GLOBK 程序已经开始进行编译之前的文件准备,之后程序会提示

Could not verify path to X11 libraries (libX11.*) from X11LIBPATH in libraries/Makefile.config

Perform a search for paths to X11 libraries and header files? (y/n)

这时,输入 n。打开 libraries 文件夹下的 Makefile.config 文件,gedit命令进行编辑。

# Generic (will work on any system if links in place)

X11LIBPATH /usr/lib/X11

X11INCPATH /usr/include/X11

将其修改为

# Generic (will work on any system if links in place)

X11LIBPATH /usr/lib/

X11INCPATH /usr/include/

再找到:

MAXSIT 80

MAXSAT 32

MAXATM 13

MAXEPC 2880

此处是对 GAMIT 程序解算参数的配置,建议修改为

MAXSIT 99

MAXSAT 32

MAXATM 32

MAXEPC 5760

如果你安装的 GAMIT/GLOBK 程序是较早的版本(10.5 及更早),那么你还需要再找到

# —– for Linux from 0.0.1 to 3.9.5.3 – #

OS_ID Linux 0001 3953

“0001” 后面的4位数字(此处的是 3953)修改为你的 Linux 系统内核的版本号的前 4 位。查看系统的 Linux 内核版本可以使用命令:

       uname -a

如我的电脑上显示

Linux ubuntu 3.13.0-32-generic #57-Ubuntu SMP Tue Jul 15 03:51:08 UTC 2014 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

那么我应该修改 Makefile.config 文件的对应部分为:

# —– for Linux from 0.0.1 to 3.9.5.3 – #

OS_ID Linux 0001 3130

更改以上内容之后,保存。重新执行:

       ./install_software

之后的一切询问输入 y,安装成功之后会看到提示:

++++++++++++++++

GLOBK installed

++++++++++++++++

7、          可能出现的错误及处理方法

安装过程中会提示如下错误:因为先安装了gfortran-7Gamit10.7只能用gfortran-6

     2.png

 处理方法:

  先安装make

apt-get install make

然后卸载gfortran-7

sudo apt-get remove gfortran-7

然后安装gfortran-6

       sudo apt-get install gfortran-6

然后使用如下命令创建指向 gfortran-6 的软链接:

       cd /usr/bin

       sudo ln -s gfortran-6 gfortran

8、          配置运行路径

进入etc文件夹

 cd /etc

gedit csh.cshrc

在底部添加以下代码:

set gg = /opt/gamit10.71

setenv PATH "$gg/gamit/bin:$gg/kf/bin:$gg/com:$PATH"

setenv HELP_DIR $gg/help/


然后运行如下代码:

       source ~/.cshrc

然后保存。

继续输入

     gedit ~/.bashrc


 


在底部添加以下代码

       gg="/opt/gamit10.71"

       export PATH="$gg/gamit/bin:$gg/kf/bin:$gg/com:$PATH"

       export HELP_DIR=$gg/help/

然后运行如下代码:

       source ~/.bashrc

然后保存。

 

9、          验证

在终端输入 doy,如果提示

3.png

证明安装成功。

为了保险起见,输入

ru root

输入root密码

输入doy应该有如上一样的提示才真正安装完成。

 




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