曹务强
生物信息软件安装3:安装预编译版本的BLAST
2017-11-16 23:17
阅读:5382
标签:生物信息学, 软件安装, 预编译

由于我国特殊的网络环境,有时候我们通过conda无法顺利下载和安装生信软件,我们必须还得熟悉传统的软件安装方式,以备不时之需。

传统的软件安装方式包括:安装预编译版本的软件和从源代码安装软件。由于从源代码安装软件的编译过程非常缓慢,一般情况下优先安装预编译版本。

1.从ftp下载预编译版本的BLAST安装包

  1. # 选择Linux系统安装包,复制链接地址,wget下载

  2. # 也可使用浏览器下载后,通过FileZilla上传到服务器

  3. wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz`

复制BLAST下载链接
通过wget命令下载BLAST软件

2.解压缩软件

  1. tar -zxvf ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gz

解压缩后,在安装目录下的bin文件夹下课看到可执行文件:
bin目录下的可执行文件
通过命令./blastp -help可以返回blastp的帮助文档,说明BLAST程序可成功执行:

3.把程序的可执行文件添加到环境变量中

我们手动安装的预编译版本的软件,默认情况下是不会把可执行文件添加到系统的环境变量中去的,每次我们执行程序时,都需要使用程序的绝对路径,这样就非常麻烦。我们可以手动添加到环境变量中:

  1. # cd 进入home目录中

  2. cd ~

  3. # 打开.profile文件

  4. vim .profile

  5. # 在.profile中加入添加环境变量的命令,其中export PATH=$PATH:后面是blast可执行文件的绝对路径

  6. export PATH=$PATH:/mnt/h/Workspace/Biosoft/ncbi-blast-2.7.1+/bin/

  7. # 使添加的环境变量立即生效

  8. source .profile

程序可直接执行

直接运行blastp程序,可以顺利执行,安装成功!


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