我们要最小化

或者仅仅其中一部分

也就是说要

或者

.

什么叫bonded, nonbonded? 左边这张图片中的小球(原子)间的棒就叫bonded，看见那个虚线了吗? 连接两个小球的那个虚线，就叫nonbonded。

被"棒"的势能为

"棒"伸展势能:

"棒"角度彎曲势能:

"棒"绕棒旋转势能:

                                                                          "虚棒"的势能为

"虚棒"的LJ势能:

"虚棒"的静电势能:

这里van der Waals(1910年诺贝尔物理奖获得者)力的势能之所以也称作LJ(Lennard-Jones)势能，是因为剑桥大学的数学家约翰爱伍德Jones(Lennard是Jones的新妻的姓)描绘的数学曲线十分贴近实验室数据，剑桥至今有一个"Lennard-Jones中心":

以上科普知识可以参见综述论文:http://arxiv.org/abs/1504.03614。

PPT见附件: PPT_JIAPU_16-04-2015_BALLARAT.pptx

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