Ghazalpour A, Bennett B, Petyuk VA, Orozco L, Hagopian R, et al. (2011) Comparative Analysis of Proteome and Transcriptome Variation in Mouse. PLoS Genet 7(6): e1001393.

 

Abstract:在哺乳动物中，转录水平与它们编码的蛋白水平之间的关系还没有全面的研究，虽然以前在植物和酵母中的研究发现令人吃惊的适度相关性。我们应用遗传学的方法对这个问题进行了研究，在这种遗传学的方法中，自然选择用于扰扰小鼠近交系的转录水平和蛋白水平。我们在97个近交系和自交系中定量获得了超过5000多肽和超过22000个转录本，主要专注于7185个最可能遗传的转录本和486个最可靠的蛋白质。转录水平通过微阵列芯片应用三个重复进行定量，蛋白定量应用液相色谱-质谱O(18)同位素做参考的标记方法获得。我们的分析表明,在被检测的gene中仅有一半转录本和蛋白具有显著的关联性,平均相关性为0.27,转录本与蛋白水平的相关性变化依赖于gene在细胞中的位置和功能。我们检测了有助于适当相关性的技术和生物因子。例如：剪接差异明显会影响特定gene的分析，但是,基于高深度的测序,这还不能充分地有助于整体估计的相关性。我们应用全基因组关联分析来定位与转录本和蛋白水平的座位。令人惊讶的是,定位的蛋白座位和转录组座位几乎没有重叠。我们在这些strains中按照许多临床相关的特征进行了分类,包括肥胖、脂蛋白水平,组织参数。利用相关性分析，我们发现有一少部分的临床特征的蛋白和mRNA gene 产物之间的存在相关性，并且这些相关性大多与蛋白或者转录本水平具特异性。令人惊讶的是,转录水平与临床特征的相关性要比蛋白水平高。根据高通量技术在临床和基础研究中的广泛应用，所得结果具有一定的实际和基本含义。