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利用关联分析研究等位基因和性状的相关性
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Evolution and Association Analysis of Ghd7 in Rice
这个研究可以看成是一个特定基因的关联分析.一个基因有不同的等位基因(单倍型),那么哪个SNP或单倍型和哪种性状相关呢?可以这样来分析.Ghd7本来是个多效基因,其中包括产量,株高和抽穗期.所以,该研究中考察的性状也为株高,产量和抽穗期.
从关联作图的角度来看,这是一个基于侯选基因的关联作图(当然本研究中就不是侯选基因了,因为这是个功能明确的基因).
LD was detected in the whole genomic region of Ghd7, and no LD decay was observed within the whole genome,既然这样的话,检测到的某个SNP和性状的关联,是真的决定性状变异的SNP或Haplotype吗?
Candidate gene-based association mapping takes advantage of historical and evolutionary recombination events in a natural population to resolve complex trait variation to individual nucleotides.我的理解是LD decay需要足够小,才能确定侯选基因和性状的关联.如果侯选基因在一个LD decay为200kb的区域,那么只能确定和性状相关的变异在200kb.不过如果有其它的证据,也许可以这样干
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