这是一位朋友向我索要的数据,当我已经有一个所有籼(9311)/粳(日本晴)间多态性SQL数据库时,像诸如此类的问题就变得简单了.我只需要用如此简单的一条SQL查询语句select * from tigrv5_poly where polyend-polystar>40 or end9311-star9311>40和拷贝粘贴,加简单的编辑就会得到一个表.

yan_40bp_InDel_na_9311.xls

   这个表可以用来开发水稻的多态性标记.用这个表开发的标记可能比随机选择的SSR标记更好用.所谓随机选择,意味着并没有任何关于标记的多态性信息,而根据这个表设计的引物得到多态性标记的概率更高,尤其是籼粳间的多态性.另外大于40bp,这意味着可以用琼脂糖凝胶电泳来检测.

   当然还有缺点:1 多态性位点可能位于重复序列中,通过适当的处理可以将位于重复序列中的多态位点,去除掉

                2 引物得重新设计,这个可以用软件如oligo 7来批量处理,和此相关的是在处理前需要批量获得用于引物设计的序列.这里面的参考序列为tigr version5,tigr version5的序列,基因序列和基因间序列是分开的,而不是在一个文件中,这样的话处理序列,需要编程处理,这东西有点麻烦.

    不管怎么样,先贴这里吧.这个表并不是我最喜欢的表.我更喜欢用基于基因的InDel,如果用基于基因的InDel则上面两个缺点都可以克服.等我的文章发表了,文章的附件可以解决这个问题.

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补充两个相关文件

tigrv5_gene.xls

tigrv5_intergenetic.xls