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基础研究数据的收集、记录、保存和整合

已有 1410 次阅读 2021-6-22 09:22 |系统分类:论文交流

研究数据是研究结果的展现形式,是研究的重要组成部分。无论是阴性结果还是阳性结果,都需要通过研究分析数据才能得到,所以,研究数据的收集、记录、保存和整合在研究中占重要地位。那么,如何进行研究数据的收集、记录、保存和整合呢?处理过程中应该注意哪些问题呢?本节将为大家一一介绍。因为基础研究和临床研究的数据存在诸多不同,所以将分别予以介绍。

一、基础研究

基础研究一般是基于细胞或动物水平的实验。有些则是纯粹的体外生化实验。基础研究的很多数据都是通过相关仪器直接测量得出,且多通过电脑软件导出。因此,实验者一定要及时从测量仪器关联电脑中拷贝原始数据,并且将实验一起流程细节和说明与原始数据存储在一起,以免出现意外导致数据丢失或数据混乱。同时,要及时分析整理原始数据,将其归纳分类成可以用于后续分析的格式保存,多次重复实验的待用数据整理合并到一个文档或一个文件夹中。

基础研究的数据一般可分为纯数值数据和图片数据,有些图片数据需要在仪器自带软件上进行预处理。下面将分别以酶联免疫吸附实验(ELISA)实验结果、Western-blot实验结果、流式细胞仪结果和荧光显微镜照相结果为例介绍这几类实验数据的具体处理过程。

1. 纯数值数据

此类数据最典型的代表是ELISA的结果,一般其结果是纯数值形式且以Excel文件格式保存。研究者从仪器关联电脑中得到数据后,一定要做一个与数据格式相同的样品设置详细说明(比如都是96孔板格式,一个是实验结果,一个是数据样品设置说明),同时备注实验细节,最好存储在同一个Excel文件中,文件命名包含实验课题名实验名及具体日期。同时,对数据进行初步处理,排除空白值等,将数据转换成比值或绝对值等方便进行统一分析的数据方式,以空白对照组、阴性对照组、处理组、阳性对照组等格式存储数据,保留每一个复孔的数据。多次重复实验之后,将成功的实验数据按不同分组整合到一个新Excel文件中,备注分别来自于哪几次实验,这就是可以用于后续数据统计分析图片制作的待用数据,存储在一个新的待用数据文件夹中。如果有些ELISA结果需要照相保存,其处理方式与Western-blot结果类似,可以参考下一段内容。

2. 图片数据

(1) 无需特殊软件预处理的图片数据

此类数据最典型的代表是Western-blot结果和动物外形图片等,此处以Western-blot为例介绍。一次Western-blot实验结果一般有多个图片文件,所以在存储时建议一个研究的一次实验存储为一个文件夹,文件夹命名包含所检测的靶蛋白信息和日期,同时用一个wordtxt文档说清楚实验细节和样品设置情况。研究者在照相时一定要设置好图片大小格式,使其分辨率符合一般文稿投稿要求。如果存储条件允许,最好都存储为最大文件格式以保证图片分辨率。研究者在拷贝存储所有原始图片后,从中选取曝光和照相效果比较好可能用于结果展示的图片进行初步处理,裁剪掉多余部分,同时简略标记每条泳道的样品来源,存储为一个新的图片文件,然后统一存储在一个新的待用数据文件夹中。多次重复实验之后,将所有可能用到的图片都存储到待用数据文件夹中,同时用一个文档说明图片分别来自于哪几次实验。有时Western-blot的图片结果也需要进行灰度分析,可以在照相时用仪器自带的软件进行分析,也可以待图片处理好后用专门的软件如ImageJ进行分析,输出的结果都是纯数值数据,处理方式和ELISA数据类似,存储时需要将其与图片一一对应好。

(2) 需用仪器自带软件预处理的图片数据

此类数据最典型的代表是流式细胞仪和共聚焦显微镜等仪器输出的结果。这些仪器有一个共同特点,就是都自带配套的分析软件。但是这类仪器输出的数据很不方便其他软件进行数据再处理,所以在处理这一类仪器输出的研究数据时,研究者一定要在测量仪器上做好相应的数据分析。当然,如果仪器可以随时操作,也可以保存好所有的原始数据,在方便的时候再把数据导回到相应仪器中进行分析。流式细胞仪结果最好输出多种结果,比如细胞周期分析,除了给出标记周期的流式图外,还需要同时输出各个周期比例的表格数据。荧光显微镜结果图片中一定要标记好标尺,同时做好叠加(Overlay)的图片处理。处理好的图片最好存储为两种格式,一种是仪器自带软件可以编辑识别的特殊存储格式,一种是仪器软件无法进一步编辑的TIFF等其他图片格式。原始数据存储好后,选取质量比较好的、可能用于结果展示的图片文件存储到新的待用数据文件夹中,来自多次实验的图片文件需要同时用一个文档说明图片分别来自于哪几次实验。

基础研究数据收集保存要点见小技巧3.1,基础研究数据收集过程见实例3.1

小技巧3.1 基础研究数据收集保存

(1)   所有存储的电子数据原件及数据说明都应完整单独保存,而待用数据另存到不同的地方,但是一定要记录清楚数据来自于哪几次实验,以便数据出错时可以回头复查纠正错误。

(2)   所有的电子数据原件及数据说明都需要保存多处,除了本地硬盘,移动硬盘和网盘都可以各保留一份,以免出现意外情况导致数据丢失。

(3)   在做基础研究时,研究者一定要做详细的实验记录。即使是常规实验,有些细节之处可能不同,这些不同之处需要在实验记录上详细说明,因为这些可能是实验成功与否的关键。详细标注既方便自己或他人日后重复或核对实验数据,有些细节也可能在讨论中提及。最重要的一点是,研究数据收集时保留细节问题描述,后期投稿审稿时如果提及相关问题,就可以从容应答。

(4)   显微镜图片一定要标注好标尺,动物器官或肿瘤等需要比大小的图片一定要放一个参照物(最好是直尺等测量仪器或硬币等有固定大小的物品)。

 

实例3.1

研究者开展一项关于流感病毒疫苗的研究,首先通过原核表达系统表达并纯化流感病毒膜蛋白血凝素HA,然后用纯化的重组HA免疫大白兔产生抗体,通过ELISA检测抗体的滴度,同时通过与流感病毒感染细胞裂解液检测抗体的特异性。这个研究过程中研究者该如何收集、记录、保存整合数据呢?

首先,研究者在进行相应数据存储时需要先建立一个流感病毒疫苗HA实验结果文件夹,所有与这一课题相关的实验结果都存储在这个文件夹中。在这个大文件夹里,同时建立表达载体构建蛋白表达纯化SDS-page”抗体滴度ELISA”抗体特异性Western-blot”待用数据图片定稿数据图片这样四个与研究方法一一对应的子文件夹和两个数据处理文件夹。子文件夹中存储具体的结果数据和图片,如果每一次每个实验都有多张图片,按照日期和具体实验再建立子文件夹。

比如在20151230号构建表达载体时通过酶切或聚合酶链反应(Polymerase chain   reactionPCR)两种方法检测克隆是否构建正确,就应该分别建立酶切鉴定20151230”“PCR鉴定20151230”两个文件夹,每个文件夹中存储多张DNA凝胶照片,如有需要,可以将曝光时间放到文件名中,同时用一个单独的wordtxt文件说明实验条件、泳道、条带等细节。如果实验结果符合预期,图片条带也符合用于毕业论文或是发表论文等结果展示的要求,研究者可以将这张图片进行预处理,裁剪掉多余部分,简略标记每条泳道的样品来源和标记物(Marker),存储为一个新的图片文件,这个文件命名为载体构建酶切鉴定20151230”,存储在待用数据图片这个文件夹中。多次重复实验后选取一张最好的图片进行完整处理,标记所有泳道样品和标记物,同时标记出目的条带,使之符合文稿发表的一般格式,命名为载体构建酶切鉴定存储在定稿数据图片文件夹中。

待整个课题所有实验结束,研究者就可以根据不同的需求对各种实验结果按照本章第三节介绍的方法进行组合,命名体现出所包含的内容就可以。如果有必要,还可以在流感病毒疫苗HA实验结果这一目录下建一个发表论文图片,将所有组合图片存放在这一目录下。

为了安全起见,建议对流感病毒疫苗HA实验结果这一文件夹在网盘上做备份并且和本地硬盘同步更新,以免出现硬盘损坏数据丢失等意外情况。

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