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SPOT-1D 安装II
(0) 需要准备的软件:
到此网站下载 : https://sparks-lab.org/downloads/
SPOT1D; SPOT-Contact ; SPIDER3_local
##Spider3 有两个版本 SPIDER3_local 和 SPIDER3-Single(numpy) ,应该使用SPIDER3_local 版本。 ##single版本精度稍差。
(1) 首先安装 清华 源
Anaconda 添加清华源 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes
(2) conda create -n spt1d python=2.7
在这里需要制定python=2.7.
跟作者联系,作者建议以下版本都可以:
tensorflow 1.4 + python 3.5.4
tensorflow-gpu 1.13.1 +python3.7.3
tensorflow 1.10 + python 3.5.4
本文使用了 tensorflow 1.4 +python 2.7 因为程序里面有很多 print 不加括号。还是使用python2.7较好。
(3) conda activate spt1d 激活创建的环境
conda install tensorflow=1.4
conda install tqdm pandas scipy # 安装必要的软件包。现在不装也可以。到后面缺什么补什么。
conda install tensorflow-gpu # 如果需要安装后 GPU 版本就输入;否则,不用输入;
(4) 安装CCMPRED
到github地址下载。
https://github.com/soedinglab/CCMpred
输入 cmake .
输入 make
编译。 在 /bin/ 目录下得到 二进制文件 ccmpred
将ccmpred放在系统可找到的路径下。 #如在 ~/.bashrc 写下: export PATH=/YourPath/ccmpred: $PATH
先到SPOT-Contact-Helical-New/sources/DCA/
输入 make #更新main函数。
SPOT-Contact-Helical-New/scripts/spotcontacthelical.py
设置psiblast hhblits spider3, spot1d 等路径。
程序默认是 计算inputs下所有 *.fasta 如果不想这样吧 run_spot1d.sh 中find 行注释。
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