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基金委公告显示，2016年决定资助面上项目16934项、重点项目612项、创新研究群体项目38项、优秀青年科学基金项目400项、青年科学基金项目16112项、地区科学基金项目2872项、海外及港澳学者合作研究基金项目135项、重点国际 (地区) 合作研究项目105项、国家重大科研仪器研制项目 (自由申请) 85项、部分联合基金项目 (NSAF联合基金、天文联合基金和钢铁联合研究基金) 116项，合计37409项，总金额超过183亿元。其余项目正在评审过程中。

与2015年相比，自科基金面上项目增加225项，重点项目减少12项，青年科学基金项目减少43项，地区科学基金项目增加42项，海外及港澳学者合作研究基金项目减少1项，国家重大科研仪器研制项目 (自由申请) 增加4项、部分联合基金项目 (NSAF联合基金、天文联合基金和钢铁联合研究基金) 减少14项，合计增加202项。

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