多年来有人对补充与替代医学中心(NCCAM)存在的合理性多次提出过质疑。例如Donald Marcus和Arthur Grollman在8年前一篇政策论坛中提出，应该单独评价美国国家补充与替代医学中心。NCCAM支持缺乏价值的研究项目，研究项目被政治、而非科学决定，章程中没有对中心工作进行独立评价的要求。虽然各种替代治疗的有效性与安全性确实值得研究，但是NCCAM的研究没有达到NIH的标准，这些研究在其他机构内也能开展。Stephen Straus和Margaret Chesney在另一篇论坛中为NCCAM作了辩护，声称该机构为公众、行医者、以及研究人员提供了替代治疗的重要信息。
NCCAM主任Josephine Briggs最近宣布，决定接受公众建议，将alternative（替代）这个词改为Integrative（综合的）“National Center for Research on Complementary andIntegrative Health”。
这一决定的另一个原因是该研究机构使命的改变，1998年成立的NCCAM，主要是研究一些有疑问的治疗手段，例如顺势疗法和热疗等。现在这些研究逐渐不受重视。NCCAM目前主要关注整体健康，例如瑜伽对疼痛的效应，作为药物治疗的补充。
Briggs强调替代医学手段的应用在美国越来越多，但她非常担心有一些患者因为选择了完全没有证据的方法，放弃了更好的现代医学手段。
但名称修改并不能减少认为该机构不符合NIH的使命的质疑，贝乐医学院免疫学家Donald Marcus认为这个机构的所谓研究简直就是浪费时间。也有学者认为所谓整体或综合是个模糊的概念。
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