zhangliwu的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/zhangliwu 事麻业,究经纬,暖社稷

博文

JNF: 福建农林大学麻类研究室分析红麻全基因组SSR特征并鉴定2个与光周期调控开花相关的基因位点

已有 554 次阅读 2021-9-22 11:54 |个人分类:Research articles|系统分类:科研笔记

2021826日,福建农林大学作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/农学院麻类研究室在国际期刊《Journal of Natural Fibers》(自然纤维杂志)(IF=5.323)在线发表了题为Genome-Wide Analysis and Polymorphism Evaluation of Microsatellites Involved in Photoperiodic Flowering-time Genes in Kenaf (Hibiscus cannabinus L.) (红麻全基因组SSR分析及参与光周期调控开花基因SSR多态性评价)的研究论文。


QQ图片20210922152005.png


红麻是生产天然纤维的重要经济作物之一。然而, SSR标记的缺乏限制了红麻的遗传改良。本研究从红麻测序品种福红952的参考基因组和编码序列 (CDS) 中鉴定SSR (simple sequence repeats) 。利用seiners2.0软件挖掘SSR位点, 分析SSR位点特征。全基因组和CDS分别鉴定出301, 505和14, 269个SSR, 总密度分别为279.70 SSRs/Mb和182.70 SSRs/Mb。12bp大小的重复序列和三核苷酸重复序列是全基因组和CDS中最多的重复序列类型。对于不同的SSR重复类型, 随着重复次数的增加, SSR频率急剧下降。AT是全基因组中最常见的基序, AG是CDS中最丰富的基序。利用拟南芥71个光周期调控开花相关的基因鉴定红麻同源基因, 并设计合成了115对SSR引物, 其中108对引物能稳定扩增出清晰的条带。单因素方差分析和回归分析表明2个标记(HcFCA和HcVIN3)与红麻不同品种的开花时间显著相关。红麻SSR标记的详细研究为红麻基因组中SSR的频率分布和开花期的遗传改良提供有价值的信息和基因位点。

福建农林大学农学院麻类研究室博士研究生徐益与硕士李东旭(已毕业)为论文的共同第一作者,张立武教授为通讯作者。研究得到国家自然科学基金项目(31972968)和国家现代农业产业技术体系建设专项(nycytx-19-E06)等经费资助。

 

原文链接:https://www.tandfonline.com/eprint/UCBJZCQMVIAVIZ9TQ2EM/full?target=10.1080/15440478.2021.1964126



http://wap.sciencenet.cn/blog-406109-1305218.html

上一篇:中国大学MOOC(慕课)_《作物育种学》_福建农林大学_第五期于2021年9月1日开课啦
下一篇:TPB: 福建农林大学麻类研究室分析黄麻全基因组SSR特征并构建基于PCR多态性SSR的物理图谱

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2021-11-28 13:58

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部