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由于我之前已经在服务器里装好了gromacs和NAMD,因此openmpi, fftw等都已经装好了。
假装所有的依赖包都没有安装,那么在root权限下输入下面的命令:
apt-get install gcc
apt-get install g++
apt-get install mpi-default-*
apt-get install libfftw3*
apt-get install libjpeg-*
apt-get install libpng12-*
即可把这些包都安装好。
解压 lammps 安装包:
tar -xvf lammps-stable.tar.gz
cd lammps-11Aug17/src/MAKE/MACHINES
把Makefile.ubuntu复制到 scr/MAKE目录下:
cp Makefile.ubuntu ../
可以看到此时 lammps-11Aug17/src/MAKE目录下有下面三个Makefile文件:
Makefile.mpi Makefile.serial Makefile.ubuntu
到lammps-11Aug17/src/目录下执行
make package-status
查看有哪些包是yes态和no态;yes表示安装,no表示不安装。用make yes-包名或make no-包名, 加载/取消你安装的包。选择自己必要的包就行了,特别注意,选择了需要的包,也得跟自己的电脑支持情况对应。
我的选择有:
make no-REAX
make no-GPU
make no-MEAM
make no-USER-SMD
make yes-KSPACE
make yes-MOLECULE
make yes-RIGID
make yes-USER-REAXC
再查看是否yes了
make package-status
我的ubuntu服务器不需要输出图片,因此在目录 lammps-11Aug17/src/MAKE 内的Makefile.ubuntu 里把 jpg 有关的行都注释掉。
在目录lammps-11Aug17/src/下执行
make ubuntu
命令,等待安装,经过漫长的安装过程之后,屏幕提示生成 lmp_ubuntu ,即安装好了。
此文件在目录lammps-11Aug17/src 内。
并把lmp_ubuntu复制到目录:/usr/local/bin 内
cp lmp_ubuntu /usr/local/bin
安装完成后设置环境变量
sudo vim /etc/profile
#在文件末尾新起一行,加入如下内容
export PATH=/usr/local/bin:$PATH
#保存关闭文件后执行
source /etc/profile
那么并行版的lammps就安装好了,安装目录在/usr/local/bin
在其他目录下可以直接输入 lmp_ubuntu 的后续命令了。
which lmp_ubuntu
结果显示:
/usr/local/bin/lmp_ubuntu
运行测试:
lmp_ubuntu < in.flow
结果显示:
Performance: 73703.146 tau/day, 284.349 timesteps/s
运行测试:
mpirun -np 80 lmp_ubuntu < in.flow
结果显示:
Performance: 1973584.917 tau/day, 7816.788 timesteps/s
Loop time of 1.2793 on 80 procs for 10000 steps with 40200 atoms
Performance: 2026111.523 tau/day, 7816.788 timesteps/s
87.1% CPU use with 80 MPI tasks x no OpenMP threads
或者
mpirun -np 20 lmp_ubuntu < in.flow Performance: 990707.055 tau/day, 3822.172 timesteps/s
mpirun -np 40 lmp_ubuntu < in.flow Performance: 1721160.953 tau/day, 6640.281 timesteps/s
mpirun -np 50 lmp_ubuntu < in.flow Performance: 1504655.789 tau/day, 5804.999 timesteps/s
mpirun -np 60 lmp_ubuntu < in.flow Performance: 1721756.079 tau/day, 6642.577 timesteps/s
mpirun -np 80 lmp_ubuntu < in.flow Performance: 1973584.917 tau/day, 7816.788 timesteps/s
mpirun -np 90 lmp_ubuntu < in.flow Performance: 1004882.036 tau/day, 3876.860 timesteps/s
mpirun -np 100 lmp_ubuntu < in.flow Performance: 791365.908 tau/day, 3053.109 timesteps/s
mpirun -np 120 lmp_ubuntu < in.flow Performance: 732137.924 tau/day, 2824.606 timesteps/s
mpirun -np 160 lmp_ubuntu < in.flow Performance: 642081.707 tau/day, 2477.167 timesteps/s
我的服务器是40核80线程的,使用80线程时计算最快。
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