小 M:嗨,趴 MCE 官网一早上了,在干什么?
小白:新课题确定了,导师想要我研究 XXX 关于 XXX 的疾病的研究,在选产品呢,蛋白,抑制剂,一一搜索 ing…
小白:比如 EGFR, 在官网搜索框点击 EGFR, 进入靶点, 勾选类别,选择排名在前的产品仔细研究。
左右滑动
小M:方法是个好方法,还有更便捷的方式 -- 基因作用数据库。
小M:这个数据库基于海量热门基因,整合了来自 HGNC (HUGO Gene Nomenclature Committee),NCBI (national center for biotechnology information),Ensembl (Ensembl genome browser 107),OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man),和 Gene Cards 等各大权威数据中心,混合与多类型数据库的交互方式。同时,数据库也配套提供了关联疾病及化合物库。
下面一起看看具体功能吧!
■ Quick Search 功能
通过 Search 基因名或基因符号,就可以看到该基因在不同物种下的所有名目。还是以 EGFR 为例,检索后可以一览该基因所属的信号通路、同源信息,以及组织表达情况。
■ Flexible Browse 功能
点击特定基因,进入到详情页面。各个模块集中展示了研究工作中重点关注信息。可以根据基因-蛋白-疾病-产品的顺序,或点击上方的浮动工具栏,按需获取基础信息。
例如蛋白模块,下方列出了多种蛋白名称用法,来源于已有研究/出版刊物的使用记录。高频率名称将推荐为主名。
小白:是很方便,但我还有个疑问,比如我就想选择一个 EGFR 重组蛋白,下面列出这么多,我该怎么判断?
例如红色框的内容表明它是重组 EGFR 蛋白,绿色框表明来源物种,蓝色框则说明了蛋白长度、表达体系、融合标签、以及是否生物素化。“蛋白编号” 列关联了 Uniprot 这个蛋白资源宝库,有更多好奇心的童鞋可以再探索更多信息~
(2) 常见的表达体系有 E.coli、CHO、Sf9、赤毕酵母等。 E.coli 适用于原核来源或无需翻译后修饰的真核蛋白。CHO 是哺乳动物细胞,具有表达稳定、蛋白修饰准确的优点。Sf9 昆虫细胞则是杆状病毒常用的表达宿主。赤毕酵母是甲醇营养酵母,可提取高纯度重组蛋白。最后,应根据具体情况选择合适的表达系统。 (3) 融合标签是免疫分析的重要帮手,一般可增强蛋白可溶性、屏蔽毒性蛋白。应选择大小合适的标签用于后续实验。 (4) 生物素化不干扰分子固有功能,可特异性结合链霉亲和素或抗生物素蛋白,增加实验设定。 Tips:
小白:明白了。接下来的疾病模块好长呀,我大概知道 EGFR 与多种疾病有关系就好啦,没想到 MCE 基因作用数据库要给我看这么多。
小 M:是的,这里展示的基因关联疾病数目确实很多。但是检索方式灵活,支持识别疾病主名/别名。比如你想了解癌症领域的疾病,在检索框搜索 “Cancer”,结果里出现的癌症疾病在一定程度上可以帮助课题细分方向,选择合适的动物模型研究。包含丰富别名的疾病,更是有潜力的应用方向哦,论文创新点+1+1。
小白:听起来好像有了些课题灵感。那么小分子抑制剂呢?人源鼠源都是EGFR,下面这些都是有用的产品?
小 M:一般情况下,小分子药物不区分种属 (但是也要多看文献!) 下面的 “关联产品” 模块按临床阶段分类,并进一步细分为生物活性分子及抗体抑制剂 (需要注意种属)。
1. 示例产品与 MCE 的产品目录直接交互,点击 可以跳转产品详情页,了解试剂的更多生物信息。详情页还提供有体内外的实验示例哦,附有实验条件和设定结果,小白你就不用为新产品入手太发愁了。
2. MCE 基因作用数据库套用了 MedChemExpress (MCE) 专有罕见病产品库,帮助你进一步选取研究重心、开拓课题版图。
3. 对于临床中的产品,还详尽展示了对应的具体临床阶段
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