在2010年，Green等对克罗地亚一个洞穴中发现的3个尼安德特人的骨骼提取的基因组DNA进行测序，公布了尼人约60%基因组的序列图，并将尼人基因组于现代人基因组进行比较得出结论尼安德特人与非洲以外现代人的关系，比与非洲人的关系更密切，并认为现代人基因组中有1%-4%的序列来自尼安德特人的贡献，现代人在走出非洲后可能在中东曾和尼人有过小范围的基因交流。尼人和现代人之间存在基因交流的这一结果引起了广泛关注，沉寂多时的多地区起源学说的支持者甚至重燃了希望，但似乎只是一厢情愿。根据群体遗传学的理论，基因交流的有效单位也应该是群体。由于所得研究的尼人的个体数量有限，以及基因的流向是从现代人流向尼人亦或是尼人流向现代人还没有得以确认。因此对于尼人是否与现代人发生基因交流以及基因交流发生后尼人的基因是否在现代人身上得以保留，这些问题的解决还需要更多的尼人样本序列的测定以及更高覆盖率的基因组序列的获得。即便尼人与当地可能存在的现代人进行交流，这种基因交流也是非常有限的，并不能推翻分子人类学的现代人起源于非洲的证据，更加不支持多地区起源说中认为现代人源于各地区的古人类的说法。