能流矛盾是指能量供体、能量传递介体和能量受体相互影响，相互制约，三者之间的矛盾无时不有，无处不在。能流进化论一直强调，特定环境中的特定的能量供体和能量受体决定了驱动二者之间能量均衡所需要的能量传递能力，而不是能量传递介体。能量传递能力的载体是能量传递介体，对于特定的能量供体和能量受体，能量传递介体可能不止一种。当生物作为能量传递介体时，可能存在多种生物共同驱动特定能量供体和能量受体之间的能量流动。当多种生物共同驱动特定能量供体和能量受体之间的能量流动时，这几种生物之间在能量供体和能量受体的获取、能量供体中的能量释放等方面必然具有相似的特征。
趋同进化是指一些看起来相似的物种，并不是由同一个祖先进化而来，而是来自不同的祖先。例如，新大陆和旧大陆的秃鹫看起来非常的相似，在很长时间内，它们都被认为来自同一个起源的两个不同的分支。然而，遗传学上的研究表明，新大陆的秃鹫是鹳鸟的近亲。之所以二者看起来如此相似，主要是因为两种秃鹫的生活方式非常相似，它们都是以腐肉作为能量供体，氧气作为能量受体，都是介导腐肉中的能量的释放，进而平衡腐肉与氧气之间的能势差。这里存在两种能量传递单元，即“腐肉→新大陆秃鹫→氧气”和“腐肉→旧大陆秃鹫→氧气”。在获取和释放腐肉中的能量时，它们同样都是高高地飞起来寻找食物，然后用它们有力的喙来撕扯腐肉，通过代谢将腐肉中难以释放的化学能转化为更容易在环境中流动的热能，将大分子的物质通过呼吸作用转化为二氧化碳和水。此外，它们的头和脖子都是秃的，这样可以避免羽毛沾上血而缠结在一起，进而提高其能量传递能力。由此可见，趋同进化是能流矛盾下的必然结果。
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