今天和朋友就蛋白质相互作用做了一些讨论，讨论完发现自己的理论功底有待好好加强！把目前还没有想清楚的几个疑问罗列如下：

1. 蛋白质相互作用的association rate （k_on）如果超过了10⁴-10⁵ M^-1s^-1,就可以认为属于diffusion-controlled 。10⁵ -10⁶ M^-1s^-1的属于这种类型的basal rate，而高于这个数值的需要由静电作用等分子间作用力进行加速（ref：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2880639/）。问题：如果一个蛋白可以和两种不同的ligands结合（结合位点相同），结合属于diffusion-controlled,且这两种结合过程中都涉及到静电作用，那么一种ligand的结合会不会影响另一种ligand结合的k_on？如何影响?（是影响了basal rate还是静电加速过程？）如果是影响后者的话，还会反映在k_on吗？（因为已经知道，结合的限速步骤是diffusion）

2. 以上问题发散到酶与底物以及inhibitor的相互作用，印象中表征inhibitor大都是看其对K_m和k_cat的影响，或者是比较酶分别对底物以及inhibitor的k_on。但是，为什么一般不会去测在inhibitor存在的情况下酶对底物的k_on？

3. 测蛋白相互作用的方法有很多，但是基本都是测蛋白间的相互作用。如果要表征蛋白内部的相互作用，如何解决？比如把蛋白一部分做了标记，再与另外一部分共价连起来，但是测量动力学的时候，如何控制分子内部相互作用什么时候发生？或者说，怎么控制蛋白内部两部分先不发生互作，只在检测的时候开始互作？

欢迎感兴趣的朋友们带文献讨论，谢谢！

图片来源：Chem Rev. 2009 Mar 11; 109(3): 839–860

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