Yaogang的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/Yaogang

博文

基因家族聚类软件Orthofinder的报错与解决措施-2022.12.02

已有 3607 次阅读 2022-12-2 22:47 |个人分类:数据分析|系统分类:科研笔记

   报错1

  报错内容:ERROR: external program called by OrthoFinder returned an error code: 1

  解决措施:

  降低orthofinder版本

  删除氨基酸序列中的点或把点替换为X,sed -i '/^>/!s/\./X/g' filename.fasta

   报错2

  报错内容:IOError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/your_path/OrthoFinder/Results_Apr29/WorkingDirectory/Blast4_2.txt'

  解决措施:检查输入文件的蛋白文件

   报错3

  报错内容:nError: Error reading input stream at line 22022: Invalid character (.) in sequence\n'

  解决措施:删除氨基酸序列中的点或把点替换为X(未知氨基酸),sed -i '/^>/!s/\./X/g' filename.fasta




https://wap.sciencenet.cn/blog-3459184-1366289.html

上一篇:基因组注释工具MAKER的报错与解决措施-2022.12.02
下一篇:基因组注释工具Braker2的报错与解决措施-2022.12.02
收藏 IP: 120.224.119.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-5-2 03:28

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部