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python3 fasta txt seq contig等纯文本文件的读取 写入

已有 1388 次阅读 2020-2-15 15:09 |系统分类:科研笔记

#文本文件的读取,同样的如果'序列文件.txt'不在当前工作目录下,需要写出详细的文件路径。与window系统不同,在linux系统中工作路径需要用到'/',而不是'\'。参数'r'意思为以只读方式打开。

fr=open('序列文件.txt','r')

for i in fr:

    #这里可以逐行字符串进行操作

    for c in i:

        #这里可以逐个字符进行操作


#多数情况下,序列文件先转化字典进行处理,最终我们得到了一个字典,这就涉及到把一个字典写入纯文本文件。key和value分别是字典的键和值。'\n'是转义字符,表示新起一行。参数'w'意思为打开一个文件只用于写入。如果该文件已存在则打开文件,并从头开始编辑,原有内容会被删除。如果该文件不存在,创建新文件。

fw=open('结果文件.txt','w')

for key,value in seq.items():#利用for循环将字典的键和值逐行写入fw文档中。

    fw.write(key)

    fw.write('\n')

    fw.write(value)

    fw.write('\n')




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