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α多样性指数变化趋势

已有 1187 次阅读 2020-2-8 08:55 |系统分类:科研笔记

本绘图方法基于R语言实战(R in action),基于图形初阶的方法,使用R软件自带的plot()函数绘图,基础的分为5步

attach(data)#对data添加路径索引:attach(data)后就可以引用直接引用data中的元素了

plot(x,y)#绘图

abline(lm(y~x))#添加拟合曲线

title("图形标题")#添加标题

detach(data)#撤销attach建立的路径索引


alpha<-read.csv("Alpha.csv",row.names=1)

attach(alpha)

#画点图(shannon指数随着深度的变化趋势)

plot(shannon~depth,ylim=c(6.0,9.5),xaxt="n",pch=16,col="steelblue") 

 #添加x轴坐标:axis(side,at=,labels=)

#side:一个整数表示在图形的那边绘制坐标轴(1=下,2=左,3=上,4=右)

#at:一个数值型向量,表示绘制刻度线的位置

#labels:一个字符型向量,表示置于刻度线旁边的文字标签

axis(1,at=depth,labels=depth)

#lm()是R语言中经常用到的函数,用来拟合回归模型。它是拟合线性模型最基本的函数。

fit<-lm(shannon~depth,data=alpha) #拟合

summary(fit) #查看拟合结果

abline(lm(shannon~depth)) #添加拟合线

detach(alpha)


image.png




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