wbb121的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/wbb121

博文

Ubuntu中安装QIIME2

已有 5429 次阅读 2018-5-23 14:09 |个人分类:生物统计软件|系统分类:科研笔记| QIIME2, ubuntu

官方网站 https://docs.qiime2.org/2018.4/

中文安装帮助文档 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-chinese-manual/838

安装教程 https://blog.csdn.net/metlab_work/article/details/77920279

此处为按照教程安装的情况以及出现的问题

前期准备

进入Ubuntu系统,保持网络畅通

过程中出现有线连接但上不了网的情况,查了许多教程,如https://blog.csdn.net/bthsky/article/details/68936048;https://blog.csdn.net/noob_f/article/details/51099040。

最后直接在虚拟机关机情况下选择“编辑虚拟网络编辑器还原默认设置”。

方法:

1.  打开终端,输入“sudo -s”获取root权限;输入“python -V”检查python版本

2.  安装Miniconda: 前往http://conda.pydata.org/miniconda.html下载与Python相适宜的版本: Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 或 Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh(2或3指的是python的版本)

建议安装Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,很多生物软件都向python3过渡,使用

python --version

查看自己的python版本,一般系统安装两个版本的python,默认为python2,若要修改版本,使用如下命令修改优先级:

sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 100
sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3 150

此时再查看python的版本,已修改为python3。

若要再改回python2,输入命令

sudo update-alternatives --config python

按照提示输入选择数字回车即可

3.  下载后,设置目录至安装包所在文件夹,输入命令“sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh”(此处采用版本3,若是2的话改为2即可)→回车表示统一安装协议→空格翻到底,读完协议→输入“yes”安装在默认路径下→输入“yes”,最后选择加入路径,即可完成安装(可以尝试更改安装路径,但我没成功)

4.  关闭终端(非常重要)

5.  打开终端,输入“conda”(输出屏幕conda 的文档表示安装成功)

6.  输入“conda create -n qiime2-2017.7 --file https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2017.7-conda-linux-64.txt”,将会自动安装QIIME2-2017.8版本,等待安装完成(这一步会下载很多东西,若因网络问题有下载不成功的,多尝试几次,直至全部成功为止)(下载的东西在/miniconda3/envs/qiime2-2017.8目录下)

7. 任意路径下,加载qiime2,激活工作环境,输入“source activate qiime2-2017.8”(激活成功后,每条命令行的开头都会自带一个(qiime2))

8. 测试QIIME2,输入“qiime --help”(输入后,最终返回帮助信息,表示安装成功)

9. 分析完毕,输入“source deactivate” 关闭工作环境,注意不用时关闭,不然其它程序可能会出错


或直接使用VirtualBox安装,具体见https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/74058949

                                                    http://blog.sciencenet.cn/blog-2970729-1056168.html

此种方法更为简单,不易出错,其他实用小操作会陆续补充

双向复制粘贴的设置见https://blog.csdn.net/pan_tian/article/details/22619687




https://wap.sciencenet.cn/blog-3388297-1115384.html


下一篇:Greengenes Database 13_5 介绍

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2022-1-26 03:39

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部