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Cell的模式图画反,反,反了

已有 3503 次阅读 2018-4-25 16:52 |个人分类:生信画图|系统分类:科普集锦

 

本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome

作者:小丫  来源: 嘉因


最近最火的莫过于Cell上的一系列TCGA paper,新朋友可能对挖掘TCGA数据的工具感兴趣《TCGA,她已经用了七年 | 资深用户深度点评》。小丫最感兴趣的是下面这篇,因为它讲了enhancer:






接下来看结果图和主要结论


Figure 1. Overview of Enhancer Expression in TCGA RNA-Seq Data


等等,好像哪里不对





原来是核小体上缠绕的DNA方向画反了


小伙伴儿拿出任大大的review:小丫你看,任大大就是这么画的。



Figure 2: Identification of regulatory SNPs.

出自Hawkins, R. D., Hon, G. C., & Ren, B. (2010). Next-generation genomics: an integrative approach. Nature Reviews Genetics, 11(7), 476-486.


咳咳,任大大也画反了。


正确的方向是这样画的:



Figure 1: Chromatin structure and DNA accessibility at genes.


出自Bell, O., Tiwari, V. K., Thomä, N. H., & Schübeler, D. (2011). Determinants and dynamics of genome accessibility. Nature Reviews Genetics, 12(8), 554-64.



Figure 2: Potential effects of histone modifications on histone–DNA and histone–histone interactions.

出自Tessarz, P., & Kouzarides, T. (2014). Histone core modifications regulating nucleosome structure and dynamics. Nat Rev Mol Cell Biol,15(11), 703-8.


各种角度的核小体,这篇paper的作者都没画错



Figure 1: Multiple levels of chromatin folding.

出自Fyodorov, D. V., Zhou, B. R., Skoultchi, A. I., & Bai, Y. (2017). Emerging roles of linker histones in regulating chromatin structure and function. Nat Rev Mol Cell Biol, 19(3).


核小体模式图方向混乱的问题,2009年就有人看不过去了,专门写了一篇:Lavelle, C. (2009). Left is right, right is wrongEmbo Reports, 10(11), 1185–1186.



Figure 1 Nucleosome chirality. Front and side views of (A) acanonical nucleosome (L-octasome), (B) an artefactual right-handed nucleosome, which shows how a simple mirror inversion also changes DNA chirality, and (C) a true reversome (R-octasome). Original nucleosome and reversome drawings kindly provided by Hua Wong.


为什么核小体喜欢左旋呢?

2015年的这篇Cell Reports揭示了机制





出自Vlijm, R., Lee, M., Lipfert, J., Lusser, A., Dekker, C., & Dekker, N. H. (2015). Nucleosome assembly dynamics involve spontaneous fluctuations in the handedness of tetrasomes. Cell Reports, 10(2), 216-25.


其实不用那么复杂,搓过麻绳的都明白其中的道理


小伙伴儿一定记得DNA喜欢右旋



此图来自http://www.macmillanhighered.com/BrainHoney/Resource/6716/digital_first_content/trunk/test/hillis2e/hillis2e_ch03_2.html


右旋的DNA缠绕成核小体就喜欢左旋啦!拿根绳子,一直向右拧,拧到绳子自动扭回来时,一定是左旋的,小丫献出手机充电线:



再回来看麻绳:



此图出自http://www.azukaropes.com/tag/s-twist/


今天先到这吧~下期学习这篇enhancer paper。




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