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我研究的miRNA没,没,没了

已有 2056 次阅读 2018-3-22 15:51 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦

 本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请关注嘉因,微信ID:rainbow-genome

作者:小丫   来源: 嘉因

希望标题的情况不要发生在小伙伴儿身上。。。不过,miRNA的名字、序列可能变了,heatmap可能要重新画了,投稿时你好意思用v21版本吗?!


话说沉寂了3年多的miRBase,3月12日终于更新到v22版本。到底发生了哪些变化,对我们的研究产生哪些影响?


先看整体的变化,再细看具体的miRNA。


整体变化,编译自http://www.mirbase.org/blog/

  1. miRNA数量增加了1/3

  2. 增加了48个物种

  3. 改变了收集和管理深度测序数据集的方法

  4. 增加了 “change log” 按钮,便于查看每个miRNA的历史版本

  5. 深度测序数据集数量增加了831个,其实本来要添加>1000个数据集,但是遇到了技术问题,不能再拖了,于是就这么发布了。技术问题一旦解决,就会添加进来。那时,会有更多的microRNA注释为 “high confidence”

  6. 很快会加一个功能:基于文献挖掘和GO注释为每个miRNA提供功能注释信息,还在开发中。。。

  7. 很快会提供序列检索功能,还在开发中。。。


哪些miRNA变了?我的miRNA变了吗?

根据miRNA.diff文件整理,Changes between the last release and this

# NEW           new to the database

# DELETE        removed since the last release

# SEQUENCE      sequence has changed

# NAME          ID has changed


  • 共删掉了179个miRNA

  • 增加了23180个新的miRNA

  • 改了582个miRNA的NAME

  • 改了805个miRNA的SEQUENCE


下面看看各物种的变化

,52个miRNA被删掉了,后台回复20180320,查看详细列表


52 DELETE

13 NAME

156 NEW

21 SEQUENCE


小鼠


4 DELETE

108 NEW

10 SEQUENCE



斑马鱼


8 DELETE

5 NAME

41 NEW

5 SEQUENCE


果蝇


5 NEW

4 SEQUENCE


线虫

6 NEW


拟南芥

2 NEW


水稻


5 NAME

37 NEW


玉米


6 NEW


马铃薯
3 NAME

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