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作者:小丫 来源: 嘉因
希望标题的情况不要发生在小伙伴儿身上。。。不过,miRNA的名字、序列可能变了,heatmap可能要重新画了,投稿时你好意思用v21版本吗?!
话说沉寂了3年多的miRBase,3月12日终于更新到v22版本。到底发生了哪些变化,对我们的研究产生哪些影响?
先看整体的变化,再细看具体的miRNA。
整体变化,编译自http://www.mirbase.org/blog/
miRNA数量增加了1/3
增加了48个物种
改变了收集和管理深度测序数据集的方法
增加了 “change log” 按钮,便于查看每个miRNA的历史版本
深度测序数据集数量增加了831个,其实本来要添加>1000个数据集,但是遇到了技术问题,不能再拖了,于是就这么发布了。技术问题一旦解决,就会添加进来。那时,会有更多的microRNA注释为 “high confidence”
很快会加一个功能:基于文献挖掘和GO注释为每个miRNA提供功能注释信息,还在开发中。。。
很快会提供序列检索功能,还在开发中。。。
哪些miRNA变了?我的miRNA变了吗?
根据miRNA.diff文件整理,Changes between the last release and this
# NEW new to the database
# DELETE removed since the last release
# SEQUENCE sequence has changed
# NAME ID has changed
共删掉了179个miRNA
增加了23180个新的miRNA
改了582个miRNA的NAME
改了805个miRNA的SEQUENCE
下面看看各物种的变化
人,52个miRNA被删掉了,后台回复20180320,查看详细列表
52 DELETE
13 NAME
156 NEW
21 SEQUENCE
小鼠
4 DELETE
108 NEW
10 SEQUENCE
斑马鱼
8 DELETE
5 NAME
41 NEW
5 SEQUENCE
果蝇
5 NEW
4 SEQUENCE
线虫
6 NEW
拟南芥
2 NEW
水稻
5 NAME
37 NEW
玉米
6 NEW
马铃薯
3 NAME
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