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作者:小哈 来源:嘉因
在同一套RNA-seq,为什么公司做的跟师兄跑的结果不一样? | TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?一文,聊了怎样做RNA-seq数据预处理:把samples拉到同一起跑线。
今天讲差异基因筛选,继续搬statQuest视频,点击左下角“阅读原文”直达代码页。文末附第一个视频中提到的P-value和FDR视频,和阈值设定的comment音频。
有些基因read counts数非常低,一个两个reads不可信,DESeq2和edgeR有各自的处理方法。
上面视频中提到的P value和FDR视频:
P value
FDR,结合RNA-seq讲的很清楚,筛差异基因、功能富集分析,都要用到FDR。
最后作者出镜答疑,阈值设定有啥讲究,0.05?
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