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原文:为qiime2国内社区贡献点力量:国内网络环境优化qiime2安装过程
脚本下载目录链接 https://github.com/demonlj/my-qiime2
Qiime2 更新还算频繁,虽说通过conda安装很简单,但每次安装都慢的要(而且conda的wget无法断点续传),尤其在国内。以2019.10为例解释如何快速安装qiime2
分析qiime2-2019.10-py36-osx-conda.yml
文件
Channels 有4个,其中2-4有国内镜像可以替换,只有第一个不行
- qiime2/label/r2019.10
- conda-forge
- bioconda
- defaults
替换为
- qiime2/label/r2019.10
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
- defaults
这样可以解决除了qiime2安装包以外的下载问题
Dependencies
删除qiime2相关包,等建立好conda的env之后再单独安装
- q2-alignment=2019.10.0
- q2-composition=2019.10.0
- q2-cutadapt=2019.10.0
- q2-dada2=2019.10.0
- q2-deblur=2019.10.0
- q2-demux=2019.10.0
- q2-diversity=2019.10.0
- q2-emperor=2019.10.0
- q2-feature-classifier=2019.10.0
- q2-feature-table=2019.10.0
- q2-fragment-insertion=2019.10.0
- q2-gneiss=2019.10.0
- q2-longitudinal=2019.10.0
- q2-metadata=2019.10.0
- q2-phylogeny=2019.10.0
- q2-quality-control=2019.10.0
- q2-quality-filter=2019.10.0
- q2-sample-classifier=2019.10.0
- q2-taxa=2019.10.0
- q2-types=2019.10.0
- q2-vsearch=2019.10.0
- q2cli=2019.10.0
- q2templates=2019.10.0
- qiime2=2019.10.0
执行conda命令conda env create -n qiime2-2019.10 --file qiime2-2019.10-py36-osx-conda.yml
,速度应该很快
下载qiime2相关包
获取包名称及md5
conda search q2 --info -c qiime2/label/r2019.10 > ~/qiime2.packages
vim编辑器
$ vi qiime2.packages
:%s/^\(url.*\)\n\(md5 \+: \)/\1:/
:v/^http/d
:v/qiime2/d
:wq
下载
python3 fetch-qiime2-packages.py
安装qiime2软件包
$ for n in `*.bz2`
do
conda install --offline $n
done
npm下载electron非常慢
npm install -g cnpm --registry=https://registry.npm.taobao.org
pip install .
cnpm install
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