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易生信GEO TCGA专题课程 - 挖掘公共数据,发表自己文章

已有 3114 次阅读 2019-3-4 18:51 |个人分类:培训|系统分类:科研笔记

GEO是当今最大、最全的公共基因数据资源库,包括基因的表达、突变、修饰等信息,涵盖几乎所有的疾病,且单个实验检测样品数目较多。TCGA数据库包含11,000个病人的33种肿瘤的7个不同层面的基因数据 (包括基因表达、CNV,SNP,DNA甲基化,miRNA,外显子组等)和临床数据,意在解析癌症发生的分子机制、肿瘤的亚型和治疗靶点等。

这两个来源的数据都是对外公开的,是学习、研究和应用的一个资源宝库。从2006年TCGA计划启动以来,基于TCGA数据发表的文章呈指数增加,一大部分来源于对TCGA数据的再次挖掘。因此学习利用生物信息技术挖掘GEO/TCGA公共数据中疾病的分子特征、合适的检测指标具有重要的临床和科研价值。本课程将从GEO/TCGA的表达、突变数据入手,探索公共数据挖掘的基本套路,分享数据分析和可视化的思路和代码,以便应用于自己的研究。

课程涉及主要内容如下:

每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战实操,全是老司机多年经验和代码的无私分享。利用自己电脑,轻松实现整套分析。如果有基础,可以多理解代码内容,做更多定制。如果基础弱一些,只需修改几个备注的变量,即可完成全部分析。下面是课程安排,如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课,(实际上课会有调整,理论和实战穿插调和),41为两周后的线上集中视频答疑。

编号主题简介
11GEO挖掘案例介绍和结果解读学习套路和宏观把控
12R语言基础知识介绍基础变量和数据操作
13ggplot2绘图基础热图、火山图等常见图绘制
14GEO数据库使用介绍数据查找、下载、清洗、批次校正、可视化
15芯片全套分析差异基因、GO GSEA(时间序列)富集分析、可视化
16WGCNA共表达网络KEGG/Reactome通路可视化
21实战重现2018 纯公共数据Science文章文章整体解读和亮点分析
22实战重现2018 纯公共数据Science文章表达模式评估,样品差异分析
23实战重现2018 纯公共数据Science文章不同来源数据校正和比较的原理和操作
24实战重现2018 纯公共数据Science文章WGCNA共表达模块分析、网络可视化、模块性状关联
25实战重现2018 纯公共数据Science文章基因表达和突变数据关联
26常见图快速绘制、解读和排版见图
31TCGA数据案例介绍和结果解读
32实战重现2018 JAMA文章TCGA数据下载和整理
33实战重现2018 JAMA文章TCGA数据表达分析全套
34实战重现2018 JAMA文章突变模式, 突变负荷和生存分析
35实战重现2018 JAMA文章突变与临床因素相关性分析以森林图展示
36考试、圆桌论坛自评学习效果、知识点回顾
41答疑-线上答疑、考试内容串讲

R基础知识和图形绘制

GEO数据分析

TCGA数据分析

  • TCGA数据,案例介绍和结果解读
  • TCGA数据下载和整理,临床数据获取和整理
  • TCGA数据表达分析全套,差异基因富集分析等
  • 实战重现2018 JAMA文章, 突变模式, 突变负荷和生存分析, 突变与临床因素相关性分析以森林图展示, 新队列数据验证结果

希望大家报名时,给出自己想重复的文章或结果,我们综合评估,优先照顾,定制专属课程。如果当时不能满足的,也会在后续讨论群提供解决方案,毕竟我们为所有线下学员提供免费绘图

(如果基础薄弱,报名付款成功后,可免费领取基础程序课,做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)

往期精彩回顾

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主讲教师

陈同,博士,2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所,生物信息专业博士,在Cell Stem Cell(IF=23.2,第一作者兼封面文章),Nucleic Acids Research,Stem Cells and Development等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章,运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号,给你不一样的学习生信体验。

刘永鑫,博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位,2016年博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师,目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文10余篇,SCI收录7篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号,目前分享宏基因组、扩增子原创文章185篇,关注人数2.3万人,累计阅读近300万次。

授课模式

本课程以讲解流程和实际操作为主,采用独创四段式教学,封装好的代码全部分享,随处可用:

  • 第一阶段 3天集中授课;
  • 第二阶段 自行练习2周;
  • 第三阶段 在线直播答疑;
  • 第四阶段 培训视频继续学习;
  • 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

培训时间

2019-04-19 到 2019-04-21 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点,半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间,最后一天会稍微提前一些,多留出时间讨论,也方便老师乘车返回)
报到时间:培训当天

授课地点

北京市西城区鼓楼附近 (具体开课前一周通知)

课程价格

  1. 截止 2019-04-13前  4199 元/人
  2. 名额有限,每次课程报名满40人后自动关闭报名通道
  3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会
  4. 课程连报有优惠,具体见报名网站

课程福利

  1. 座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序
  2. 赠送程序基础课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)
  3. 多人 (N,10>N>1) 组团报名并同时缴费,每人还可减免N-1百元 (最高500)
  4. 赠送金士顿U盘一个(32G含培训数据和脚本)
  5. 附推荐语分享对应的招生信息到朋友圈,截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券(可拆分供多个课程使用)

注意事项 *

  1. 需自备笔记本电脑,推荐使用win10系统,4G以上内存(推荐8G)。课程实践根据需要会提供云计算平台
  2. 培训班所有数据,文档为内部资料,仅供参阅,未经允许不得翻印外传登刊
  3. 上课期间禁止录音,录像
  4. 成功付款的学员,若临时有紧急事情不能到来的,可申请延期,更换后续培训班;也可申请退款
  5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用;开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用 (若已开发票需承担相应手续费)
  6. 不可先延期再退款

更多课程的详细介绍,请扫描下方二维码。

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复制以下链接
http://www.ehbio.com/Training/
点击阅读原文跳转报名页,成为实验中不可或缺的人,赶快报名吧!



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