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生物信息通识技术研讨会

已有 1822 次阅读 2018-11-24 08:11 |个人分类:培训|系统分类:科研笔记

易生信系列课程 转录组ChIP-seq扩增子宏基因组是从原始数据到分析结果的理论加实战型课程,课程安排内容饱满,时间紧张,是学习专业生信分析和解决实际问题的首选课程。这些课程适合零基础或者有一定分析经验的朋友学习,但都需要后续加强练习,基础越好,学的效果越好。不管什么课程,只想着靠3天就能学会,是不现实的 (基础好除外)。我们是希望通过3天时间,把整个分析过程和我们的分析经验糅合在一起,带领大家走一遍,节省需要自己摸索半年甚至多年的时间,后续再辅以视频和我们提供的全套流程脚本练习,1-2个月掌握问题不大。

作为对系列课程的补充,我们这次推出生物信息通识课,包含常见组学技术的原理、应用和概念,R语言基础,Windows下使用Linux命令快速提取数据和准备绘图所需的文件,常见组学图形的解读和绘制等,希望能为实验生物学家了解生信和生信初学者提供一个快速通道。

课程涉及主要内容如下:

每节课1小时一个主题,理论结合实战,学懂原理,实战实操,全是老司机多年经验和代码的无私分享。下面是课程安排,如11代表第一天第一节课,26代表第二天第六节课,(实际上课会有调整,理论和实战穿插调和)41为两周后的线上集中视频答疑。

编号主题简介
11生物信息是什么能解决哪些问题,有哪些应用
12高通量技术概述高通量测序应用的种类、概念、原理和用途介绍
13不同代次高通量测序技术原理和优缺点
14组学和生物调控案例解析
15扩增子和宏基因组基本概念和应用
16扩增子和宏基因组基本分析思路和图表解读
17常见数据库使用介绍多组学分析
21绘制miRNA、基因、转录因子调控网络,菌群共存公共数据库获取数据转换格式,文献挖掘
22KEGG/Reactome/GO通路图表达属性可视化Cytoscape,模式和非模式生物
23R语言基础知识数据读取转换
24R语言绘制常见图形见图
25R语言绘制常见图形见图
26绘制常见图形和排版可自己提需求
27分组、时间序列和数量性状GSEA原理、操作和结果解读
31Linux基础操作常用命令解析,windows下操作
32Linux软件安装服务器操作
33Sed,awk操作ID转换、文件格式转换
34Linux命令练习准备常见绘图所需文件
35WGCNA基因共表达分析表型关联
36考试、圆桌论坛自评学习效果、知识点回顾
41答疑-线上答疑、考试内容串讲

生物信息基本知识和概念

  1. 生物信息是什么,能解决哪些问题,有哪些应用
  2. 高通量测序有哪些类型和应用,smRNA-seq,RNA-seq, GRO-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Hi-C,scRNA-seq, ChIA-PET, FAIRE-seq, Ribo-seq, ChIRP, CAGE-seq, Clip-seq等等很多为解决特定问题而生的技术。
  3. 不同代次高通量测序技术的原理和优缺点
  4. 从细胞和DNA结构阐释生信在解析生物分子调控中的应用
  5. 其它您想了解的生信知识 (可报名时提出,也可现场提出)
  6. CNS多组学文章2篇解读 (转录组、表观修饰组和突变组)
  7. CNS常见生物信息图形含义解读、适用范围和在线绘制

扩增子和宏基因组

  1. 扩增子和宏基因组研究基本概念
  2. 扩增子和宏基因组研究基本分析思路
  3. 扩增子和宏基因组研究图标解读
  4. 微生物物种和功能组成CNS文章套路解读

常见分析和图形绘制

  1. 利用常见数据库挖掘基因的功能、表达模式和互作蛋白
  2. 从在线数据库获取细胞类型特异高表达的基因
  3. 在线数据库挖掘基因的转录因子调控信息和表观修饰信息
  4. Cytoscape绘制网络图
  5. Cytoscape绘制KEGG/Reactome通路图并进行表达属性可视化
  6. Cytoscape绘制转录调控网络和蛋白蛋白互作网络
  7. Cytoscape进行GO富集分析和可视化
  8. Cytoscape进行文献挖掘,探索基因功能
  9. GSEA本地软件使用和结果解读
  10. 其它软件后续补充
  11. 在线绘图工具介绍
  12. 文章发表图的修改和排版
  13. R语言数据处理和绘图入门

多组学数据分析

  1. 在线基因组浏览器加载公共数据解析多组学数据, 联合发布的转录组、表观修饰和三维结构数据查找基因的调控关系.

生信Linux基础

  1. 生信软件安装基本概念和操作
  2. 生信Linux基础学习
  3. 在windows下如何利用简单命令转换文件格式,提取序列,ID匹配,为常用软件提供数据输入格式等
  4. 生信分析软件举例和适用范围介绍

当然,以上列出的也只是一部分内容,更多的还希望各位朋友踊跃提出,定制专属课程。

(如果基础薄弱,报名付款成功后,可免费领取基础程序课,做好准备工作, 让程序成为我们的得力工具而不是学习新知识的绊脚石。)

往期精彩回顾

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主讲教师

陈同,博士,2015毕业于中科院遗传与发育生物学研究所,生物信息专业博士,在Cell Stem Cell(IF=23.2,第一作者兼封面文章),Nucleic Acids Research,Stem Cells and Development等高水平杂志以第一作者或主要作者发表文章,运营有数万人关注的《生信宝典》微信公众号,给你不一样的学习生信体验。

刘永鑫,博士。2008年毕业于东北农大微生物学专业。2014年中科院遗传发育所获生物信息学博士学位,2016年博士后出站留所工作,任宏基因组学实验室工程师,目前主要研究方向为宏基因组学数据分析与可重复计算。发表论文10余篇,SCI收录7篇。2017年7月创办“宏基因组”公众号,目前分享宏基因组、扩增子原创文章185篇,关注人数2.3万人,累计阅读近300万次。

助教团队

十余名中国科学院、清华、北大博士(含在读),轮值讲师和助教,辅助学员学习和矫正培训过程中不足的点。

授课模式

本课程以讲解流程和实际操作为主,采用独创四段式教学,封装好的代码全部分享,随处可用:

  • 第一阶段 3天集中授课;
  • 第二阶段 自行练习2周;
  • 第三阶段 在线直播答疑;
  • 第四阶段 培训视频继续学习;
  • 实现教-练-答-用四个环节的统一协调。

培训时间

生物信息通识培训课程

2018-12-14 到 2018-12-16 (线下讲解实战)
每天早9点到晚6点,半封闭式教学 (最后1小时为集中讨论时间,最后一天会稍微提前一些,多留出时间讨论,也方便老师乘车返回)
报到时间:提前一天或者当天都可以

授课地点

北京市西城区鼓楼明德大厦 (北京市旧鼓楼大街47号院2号楼2010)。

课程价格

  1. 截止 2018-12-8  4199 元/人
  2. 名额有限,每次课程报名满40人后自动关闭报名通道
  3. 提供易汉博基因科技实习机会或工作机会
  4. 课程连报有优惠,具体见报名网站

课程福利

  1. 座位按报名并缴费或预付款成功顺序从前到后龙摆尾式排序
  2. 赠送程序基础课和对应课程往期视频课一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)
  3. 多人 (N,10>N>1) 组团报名并同时缴费,每人还可减免N-1百元 (最高500)
  4. 赠送金士顿U盘一个(32G含培训数据和脚本)
  5. 附推荐语分享对应的招生信息到朋友圈,截图发到train@ehbio.com 可获得200元生信宝典腾讯课堂课程优惠券(可拆分供多个课程使用)

注意事项 *

  1. 需自备笔记本电脑,推荐使用win10系统,4G以上内存(推荐8G)。课程实践根据需要会提供云计算平台
  2. 培训班所有数据,文档为内部资料,仅供参阅,未经允许不得翻印外传登刊
  3. 上课期间禁止录音,录像
  4. 成功付款的学员,若临时有紧急事情不能到来的,可申请延期,更换后续培训班;也可申请退款
  5. 若开课2周 (含) 前申请退款可退还85%费用;开课3个工作日 (含) 前申请退款退还70%的费用 (若已开发票需承担相应手续费)
  6. 不可先延期再退款
    更多课程的详细介绍,请扫描下方二维码。

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复制以下链接
http://www.ehbio.com/Training/
点击阅读原文跳转报名页,成为实验中不可或缺的人,赶快报名吧!



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