在介绍本次教程的主要内容之前，笔者向大家推荐一个很好的中文教程网站：http://pymol.chenzhaoqiang.com/index.html。该网站提供了较为详细的Pymol使用教程。这里笔者根据自己的使用经验，着重介绍Pymol部分实用的功能。在这个网站（PyMOL scripts (queensu.ca)）可以找到大量实用的Python脚本以实现各种不同的功能，如统计氢键个数、计算rmsd、画原子间的矢量箭头等。

1.     Pymol窗口界面简介

在解释Python 脚本的使用方法之前，这里先简单介绍一下Pymol 软件的窗口界面，如下图所示。

    Pymol的主要窗口如上图所示，本次教程主要用到的是命令窗口。

2.     Python脚本的创建和使用

笔者认为Pymol强大的功能之一在于可以执行Python脚本，使得Pymol具有非常好的扩展性和便捷性。通过Python脚本，读者可以根据自己的需求让Pymol执行特定的操作。比如批量作图、给特定的原子着色、在特定的原子间画键或平面等。这里简要介绍Python脚本的创建和使用方法。

Pymol中很常用的一个包是cmd，在Python脚本中需要调用cmd来实现一些在命令窗口直接输入的命令。比如PyMOL> select atom_c, name C这行命令在Python脚本中应写成cmd.select('atom_c', 'name C')。注：cmd.select('atom_c', 'name C')可以在命令窗口中直接执行。下面以一个用于渲染和保存图片的Python脚本为例介绍脚本的使用。 

在命令窗口输入’run save_image.py’，即：PyMOL> run save_image.py上述save_image.py 脚本的使用方法是：

这样通过调用save_image.py脚本就可以轻松实现图像的渲染、命名和保存。