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GAMESS在服务器上的编译

已有 3995 次阅读 2017-8-15 19:00 |个人分类:软件的安装|系统分类:科研笔记| Linux, 编译, GAMESS, Centos

本文是笔者亲测可用的编译过程,服务器的系统为Centos6。类似的方法也可以用于gamessUbuntu等系统上的编译。

1. 前期准备

1.1 获取安装包

Gamess的官网获取授权,并在以下网址选择注册并选择合适的版本下载:http://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/download/register/,一般较短一段时间内会收到回复,根据所回复的信息在以下网址下载安装包:

http://www.msg.chem.iastate.edu/GAMESS/download/source/gamess-current.tar.gz

1.2 检查服务器中是否具备所需要的软件

rpm -qa |grep gcc(查看gfortran的版本,后面会用到)

可用whereis mklatlas)检查是否有相应的mathlibraries,笔者所测试的服务器中没有mkl,有atlas,但是选择atlas后创建连接时出错,故笔者在选择math libraries时填入了none,后面编译过程中Gamess自动选择了相应的libraries

2. 解压安装包并获取root权限

当前目录为:~

$ su (之后可能需要输入管理员密码)

$ tar xzf gamess-current.tar.gz

$ chown -R root:root gamess

3.  编译的过程

3.1  Configure the installation

$ cd gamess

$ ./config

[enter]//代表回车

linux64

[enter]

[enter]

输入00(版本号,默认为00),然后[enter]

输入gfortran,然后[enter]

输入1.2中确认的gfortran的版本号,如“4.1, 4.4”等(根据个人的服务器情况而定)

[enter]

[enter]

如果1.2中确定没有mkl,则建议输入none

[enter]

[enter]

sockets

输入LIBCCHEM,然后[enter]

输入no,然后[enter]

输入exit,然后[enter]

此时gamess目录下面生成了配置文件:install.info

3.2  Compile ddi

$ cd ddi

$ ./compddi

$ mv ddikick.x ..

$ cd ..

3.3  Compile gamess

$ ./compall

十几分钟后object目录下面生成许多配置文件

3.4  Link gamess

$ ./lked gamess 00

此时生成gamess.00.x

4.  更改运行环境

建立存放临时文件的文件夹tmp,此时处于gamess目录下

$ mkdir tmp

$ vi rungms

此时点击“i” 对文件rungms中的下面这部分进行修改

 set SCR=/home/mu/gamess/tmp

 set USERSCR=/home/mu/gamess/tmp

     set GMSPATH=/home/mu/gamess

退出时按ESC,然后按“:”并输入wq(保存修改并退出),点击[enter]

5.  测试

查看hostname

$ hostname (下面会显示服务器的主机名)

修改runall中的hostname

$ vi runall

si.msg.chem.iastate.edu改为本机的名称(注意,只改第一个)

$ ./runall 00

这时gamess目录下会得到47log文件,将它们移到/sob/gamess/tests/standard目录下,再运行./checktst

$ cd tests

$ cd standard

$ ./checktst

如果最后得到“All 47 testresults are correct!”,则表示安装成功。

可键入./rungms exam01.inp 00 12 >& exam01.log & 进行并行计算(12是进程数),这里把log文件放在了gamess目录下面。

笔者提示,可用rm -f ./tmp/*命令删除临时文件。

该过程为笔者个人安装gamess的经验,每个人的机子很可能有所不同,这里难免有遗漏之处,还请批评指正。


参考网址:

GAMESS Installation Instructions for Linux.https://www.webmo.net/support/gamess_linux.html 访问日期2017.8.15.

[转载]GAMESS 2013编译(转载). http://blog.sciencenet.cn/blog-950202-873169.html 访问日期2017.8.15.




https://wap.sciencenet.cn/blog-3311084-1071243.html


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