Ubuntu系统下安装Rosetta的过程
2019-12-13 17:41
阅读:6789
记录下Ubuntu TLS 18.04中安装Rosetta的过程
最新的Rosetta安装依赖OPENMPI、BOOST、Python2.7
1. 安装BOOST&Python2.7.15
sudo apt-get install libboost-dev sudo apt-get install python
2. 编译器的选择
最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性;
如果系统中没有C++编译器,那么需要安装一个;这里以GCC为例:
sudo apt install build-essential
3. OPENMPI的安装
sudo apt-get install openmpi-bin openmpi-doc libopenmpi-dev
4.Rosetta的编译与安装
环境bash变量配置:
# 打开bashrc文件
vi ~/.bashrc
# 添加以下内容
#Rosetta
export ROSETTA=/home/czy/bin/Rosetta #改成你的Rosetta目录 export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH
保存后,编译MPI模式版本的Rosetta, 此处以调用15个核编译为例:
cd $ROSETTA/main/source/
# 使用gcc编译:
./scons.py -j 15 mode=release bin extras=mpi #gcc
5. 测试
运行
./scons.py -j 15 mode=debug
,如果没有问题
再运行:
./scons.py -j 15 cat=test mode=release
测试:
python test/run.py -j 15 --mode=release
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