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Nature Genetics:445份生菜种质材料的基因组重测序

已有 496 次阅读 2021-4-13 15:19 |个人分类:每日摘要|系统分类:论文交流

Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestication history of cultivated lettuce

第一作者Tong Wei

第一单位深圳华大基因农业基因组学国家重点实验室

通讯作者Huan Liu


 Abstract 


背景回顾Lettuce (Lactuca sativa) is an important vegetable crop worldwide. 


提出问题:Cultivated lettuce is believed to be domesticated from L. serriola; however, its origins and domestication history remain to be elucidated. 


主要研究:Here, we sequenced a total of 445 Lactuca accessions, including major lettuce crop types and wild relative species, and generated a comprehensive map of lettuce genome variations


结果1:In-depth analyses of population structure and demography revealed that lettuce was first domesticated near the Caucasus, which was marked by loss of seed shattering


结果2:We also identified the genetic architecture of other domestication traits and wild introgressions in major resistance clusters in the lettuce genome. 


结论:This study provides valuable genomic resources for crop breeding and sheds light on the domestication history of cultivated lettuce.


 摘 要 


生菜是一种全球范围都较为重要的蔬菜作物。栽培种生菜被认为是驯化于野莴苣(L. serriola);但是,其起源和驯化历史仍然还不清楚。本文中,作者对445份生菜属的种质材料进行了全基因组重测序分析,包括主要的生菜作物类型和野生近缘种,最终获得了较完整的生菜基因组变异图谱。对于群体结构和有效群体大小的深入分析,作者发现生菜最早在高加索地区被驯化,其特点是种子落粒性丢失。另外,作者还鉴定了生菜其它驯化特征的遗传结构以及生菜基因组上主要抗性基因簇种来自野生种的基因渐渗。本文的研究为作物育种提供了珍贵的基因组资源,同时也为栽培种生菜的驯化历史提供了新的视野。


 通讯作者 

** 刘欢 **


个人简介:

2007年,东北林业大学,学士;

2010年,东北林业大学,硕士;

2010年,深圳华华大生命科学研究院,研究人员;

2018年,丹麦哥本哈根大学,在读博士。


研究方向动植物生物基因组学及系统生物学研究。


doi: https://doi.org/10.1038/s41588-021-00831-0


Journal: Nature Genetics

Published date: Apr 12, 2021



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