RGI结合CARD数据库用于抗性基因的预测
在Linux环境中安装RGI,遇到一系列问题,特此记录:
1)利用conda进行RGI的安装,参考网页https://anaconda.org/bioconda/rgi
conda install -c bioconda rgi
效果如下(未有报错信息):
利用rgi --help运行时,提示如下错误
Traceback (most recent call last):
File "*/rgi", line 11, in <module>
import package.rgi.rgi
File "*/rgi.py", line 158
print "DB exists"
^
SyntaxError: Missing parentheses in call to 'print'. Did you mean print("DB exists")?
2)怀疑是安装方式的问题,https://github.com/arpcard/rgi 下载rgi安装包
pip install .
运行后结果未提示错误,重新运行rgi --help
报错信息如下:
No module named 'pyfaidx'
pip install pyfaidx成功安装
3)再次运行rgi --help,报错信息如下
No module named 'ahocorasick'
尝试运行
pip install 'ahocorasick'
报错信息如下
No matching distribution found for ahocorasick
Google后查到ahocorasick已改名为pyahocorasick
pip install 'pyahocorasick'
报错信息如下
ERROR: Command errored out with exit status 1
Google查到前人经验如下https://github.com/conda/conda/issues/5714
运行
conda install -c https://conda.anaconda.org/conda-forge pyahocorasick
4)重新rgi --help,提示安装成功
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