2006年，走进科学播出《中国水怪调查》系列，对长白山天池水怪、新疆喀纳斯湖水怪和四川猎塔湖进行揭秘，结论认为长白山水怪不过是动物或快艇等造成的水面波纹，而其他水怪也都是当地常见的鱼类而已。但实际上，栏目组并没有对水怪出没地的气候和地理状况进行模拟和勘查，连水下拍摄都没有，仅仅是通过几个专家讨论分析就断然否定"水怪"的存在，宣布都是自然现象。而事后制片人在接受采访时称，栏目组在制作之前就认定水怪肯定不存在，都是人们的心理作用。

2005年，《走近科学》推出中国三大UFO悬案调查系列，其中有一集《谁在背我飞行》广受争议。节目中当事人是一位河北农民，1977年，他连续三次神秘失踪，且不乘任何人类交通工具，由两个不明飞行人携带，一夜之间腾空飞越到一千多公里以外的南京、上海。最为诡异的是有邻居、亲戚、村干部、公安证实当时的确是将他从上海带回来，并且无法解释他是如何到了上海。多年来这段离奇经历与UFO挂钩，一直被当做未解之谜，但当期的《走近科学》栏目在没有解释种种谜团的情况下，最后通过心理医生宣布，这一切都是当事人的幻觉，从家里失踪也只是梦游，还诱导当事人接受自己有偏执幻想症的论断。

《走近科学》向来以破除鬼怪迷信为己任，但在节目编排上却尤其喜欢把装神弄鬼的气氛做足。2006年，《走近科学》做了一期山村鬼屋事件，说在福州东郊有一座多年无人居住的荒宅突然出现神秘亮光，而且颇有灵性，只要人一靠近就会神秘消失，还引发了一系列离奇事件。在做足恐怖气氛的时候，节目请来专家转了几圈，然后告知村民亮光不过是玻璃上简单的反射现象。另外，节目组还称调查发现有村民为了吸引游客，主动制造悬疑现场。

《走近科学》还有相当一部分诸如此类借鬼神的名头故弄玄虚，最后证明纯属狗血误会的策划，比如夜半鬼声、发怒的鬼火、半夜鬼拉灯、鬼楼怪声等等，简直可以称作"活见鬼系列"。

奇人异事同样也是《走近科学》的常备选题，但最终解释却常常也让观众觉得侮辱智商。比如2007年的一期《吐血奇人》，片中介绍了当事人能随意控制身体里血液的走向，谈笑风生间能随时口吐鲜血，身体不会受到任何伤害，更令人不可思议的是，嘴接触身体任何一个部位都能吸出一大口鲜血。针对这种"吸血鬼般"的特异功能，节目请来医生对当事人进行内脏、鼻咽等全方位检查，在做出种种疾病症状推测但都一一排除之后，医生偶然发现答案只是当事人牙龈发炎出血而已，根本就不是什么吸血特异功能。

奇异事件很多，并不是每个都能有科学解释，但其中还有一类仅仅只是人造的假象而已，这类事件根本跟科学毫无关系。2007年《走近科学》有一期节目称一个8岁男孩被僵尸附体，做出各种怪异动作，成了人见人怕的吸血鬼，但是节目最后称这只是小男孩为了吸引爸爸的关心刻意装病。接着2008年有一期《血泉风波》，说浙江省某地村民家中地下喷出像血一样的液体，针对是神秘自然现象还是离奇凶杀事件，或者还可能是其他类似地震征兆等解释，节目组请来专家做现场检验，最后得出结论称这只能是人为喷洒的液体。还有一期节目称86岁老人会自燃，衣服总是莫名其妙着火，百思不得其解之后发现是老人孙女自己点的火，诸如此类人造怪象在号称科学的这档栏目中不胜枚举。

当出现怪状又查不出病因的时候，就到了心理专家出场的时候了。2006年《走近科学》有一期讲78岁老奶奶突然怀孕，且符合怀孕的相关外在症状，节目在花大篇幅探讨人类怀孕的年龄界限后，医生否定了怀孕的事实，最后只能认定是老奶奶患有"转移性癔病"，心理认定自己怀孕了，其他表象都是心理作用影响了生理反应，肚子变大也只是发胖而已。2006年还有一期节目称一个妇女5年没有进食，只靠喝水维持生命，居然身体无碍，一番探究之后，专家认为是当事人谎称没有进食，纯粹是癔病幻想而已。对于这类节目，有观众吐槽称"节目干脆改名叫《走进癔病》得了"。

2007年，《走近科学》做了一期《公羊产奶》的怪谈节目，称山东有户人家的1岁多公羊长出一对乳房，还能挤出奶。针对这种动物奇谈，节目组提出先验证事实，花了大篇幅验证这只羊是不是公的，可是却没有证明挤出来的到底是不是奶，因为专家到的时候这只羊碰巧挤不出奶了。这样一来连事实都无法证明，只凭借白色状液体的描述，节目也能在最后煞有介事的探讨公羊真的产奶的科学解释，比如激素异变等。

2005年播出的一期《揭秘熊猫犬》也许可以在"走近伪科学"系列排行榜中占得前排。该期节目称成都警察接到走私大熊猫的报警，发现这只熊猫长得很像狗，于是记者开始对这只像狗又像熊猫的动物进行揭秘。其中动物专家一本正经地解释称这可能是发情期的熊猫和狗交配后产生的基因突变，但记者向熊猫养殖中心的人员求证，却被告知熊猫择偶是很严格的，决不会与狗交配。扑朔迷离之后，节目结尾揭晓真相：这是一只被染过色的松狮。