许多疾病会影响细胞在组织中的空间组织方式，例如在阿尔茨海默病中，淀粉样蛋白-β蛋白在大脑中聚集形成斑块。研究细胞在组织不同区域的差异可以帮助科学家更好地理解导致阿尔茨海默病和其他疾病的关键变化。但事实证明，将基因表达、细胞结构和空间位置的数据整合到同一分析中具有挑战性。

现在，来自麻省理工学院Broad研究所、哈佛大学和瑞士ETH Zürich的研究人员开发了一种计算框架，可以同时分析基因表达、细胞核结构及其在空间中的位置。STACI(空间转录组结合使用自编码器与染色质成像)是第一个结合这三种数据的方法。该研究结果最近发表在《Nature Communications》杂志上。

https://www.ebiotrade.com/newsf/2022-12/20221208065326689.htm

http://www.pubmedplus.cn/P/SearchQuickResult?wd=f3da5919-feb2-4853-a889-0bfac564c742

1. Graph-based autoencoder integrates spatial transcriptomics with chromatin images and identifies joint biomarkers for Alzheimer's disease.

Xinyi Zhang,Xiao Wang,G V Shivashankar,Caroline Uhler

Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, USA.

Nat Commun (P 2041-1723 E 2041-1723) 2022 年 13 卷 1 期 7480 页

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