人体五脏配五行，其序和配法是肝、心、脾、肺、肾之五脏配木、火、土、金、水之五行，是目前成熟定型说法，源于今文经家之学，一直指导中医临床说理。为何这样相配？《内》《难》未见有说。有人认为中医源于巫、源于道、源于易等，而五脏附会五行说是中医基础理论之核心，然巫、道、易等皆未有相关说法，可见此等渊源之说，是多么之苍白乏力。
据赵洪钧《内经时代》对儒经《尚书》《仪礼》《礼记》等考证，五脏附会五行说，乃源于儒家祭礼；用五行说目的是“使祭脏规范化、理论化”，并说“这种学说竟然由祭脏五行化的儒家学说中来”，很有见地。
在汉代，由于《尚书》有今、古文经之分，故五脏附会五行说亦有两套配法。一是古文经家之学，按儒家牲畜祭脏解剖位置而来；二是今文经家之学，附会五行之体性而来。
据《礼记·月令》五时牲畜祭脏，即春（木）祭脾、夏（火）祭肺、季夏（土）祭心、秋（金）祭肝、冬（水）祭肾，“此等直据牲之五脏所在，而当春、夏、秋、冬之位耳”（孔颖达《礼记正义》），亦正与人体五脏解剖位置相合——左脾右肝、上肺下肾、中间心。此乃古文经家之学。许慎《五经异义·五脏所属》说：“《古尚书》说：‘脾，木也；肺，火也；心，土也；肝，金也；肾，水也。’许慎案：《月令》‘春祭脾，夏祭肺，季夏祭心，秋祭肝，冬祭肾’，与《古尚书》同。”
郑玄驳之：“《月令》祭四时之位，乃其五脏之上下次之耳。冬位在后而肾在下，夏位在前而肺在上，春位小前故祭先脾，秋位小却故祭先肝。……不得同五行之义。今医病之法，以肝为木，心为火，脾为土，肺为金，肾为水，则有瘳也。若反其术，不死为剧。”
司马光《太玄集注·玄数》说：“肺极上以覆肾，极下以潜心，（心）居中央以象君德，而左脾右肝承之，以位五行。《月令》春祭先脾，夏祭先肺，中央祭先心，秋祭先肝，冬祭先肾，此玄符也。是故肺藏气者火也，肾藏精者水也，心藏神者土也，脾藏思者木也，肝藏血者金也。其为体（性）也，则脾土、肺金、心火、肝木、肾水。”
今文经家之学、《内经》医学，乃以五脏附会五行之体性而相配。许慎《五经异义》说：“《今尚书》欧阳说：‘肝，木也；心，火也；脾，土也；肺，金也；肾，水也。’”所谓体性，如《尚书·洪范》所说“水曰润下，火曰炎上，木曰曲直，金曰从革，土爰稼穑”是也。
龙伯坚说：“五脏和五行的配合……在古代有两种不同的说法。一种是《今文尚书》欧阳说，这一配合是肝木、心火、脾土、肺金、肾水。一种是《古文尚书》说，这一配合是脾木、肺火、心土、肝金、肾水。这两种说法，古代医家都采用过。《周礼·秋官司寇·大司寇》‘以肺石达穷民’句下，贾公彦疏引《阴阳疗疾法》说：‘肺属南方火。’可见著《阴阳疗疾法》的这一位医学家采用的和《古文尚书》说相同。
“《吕氏春秋·十二纪》《礼记·月令》《淮南子·时则训》所说也都与《古文尚书》说相同。但是《黄帝内经》采用的却和《今文尚书》欧阳说相同。西汉是今文家最兴盛的时代，所以今文说占了上风，古文说后来在医学上完全淹没了。
“郑玄说：‘今医病之法，以肝为木……’这是说，现在医学上五脏和五行的配合和《今文尚书》说相同，然后才能治愈疾病，否则不死即会变厉害……古文说所讲五脏与五行配合的位置，是根据祭祀的时候所宰杀的动物的向南的五脏实际位置排列的，所以脾在左，肝在右，肺在上，肾在下，心在中……今文说所讲的五脏与五行配合的位置，则是根据理想的。”（《黄帝内经集解·素问》）
所谓“理想的”位置，当指五脏附五行体性而言。如《素问·金匮真言论》：“东方青色，入通于肝”“南方赤色，入通于心”“中央黄色，入通于脾”“西方白色，入通于肺”“北方黑色，入通于肾”。
《阴阳应象大论》：“东方生风，风生木……神在天为风，在地为木……在脏为肝”“南方生热，热生火……其在天为热，在地为火……在脏为心”“中央生湿，湿生土……其在天为湿，在地为土……在脏为脾”“西方生燥，燥生金……其在天为燥，在地为金”“北方生寒，寒生水……其在天为寒，在地为水……在脏为肾”。
《六节脏象论》：“心者……为阳中之太阳，通于夏气”“肺者……为阳中之少阴，通于秋气”“肾者……为阴中之太阴，通于冬气”“肝者……此为阴中之少阳，通于春气”“脾……此至阴之类，通于土气”。
《灵枢·九针十二原》：“阳中之少阴，肺也”“阳中之太阳，心也”“阴中之少阳，肝也”“阴中之至阴，脾也”“阴中之太阴，肾也”。
要之，肝是木脏，为阴中之少阳，通于春气，方位在东，其色青；心是火脏，为阳中之太阳，通于夏气，方位在南，其色赤；脾是土脏，为阴中之至阴，通于土气，方位在中央，其色黄；肺是金脏，为阳中之少阴，通于秋气，方位在西，其色白；肾是水脏，为阴中之太阴，通于冬气，方位在北，其色黑。
由于中医不重解剖学而重“天人相应”之关系学，故才保留了目前配法。
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