邓飞
亲缘关系推断软件:king
2021-6-14 22:00
阅读:626

今天是端午节,放假了几天,除了分析一个紧急的项目,基本处于放空状态。没有工作,没有动脑。主要内容是遛娃,吃饭,睡觉。下午回来,放空几天的大脑开始回归,想起自己好久没有发文了,介绍一款亲缘关系推断的软件:king

1. 亲缘关系推断重要性

育种中,判断亲子关系,判断全同胞半同胞关系非常严重要,基因组时代的到来,也使得利用分子数据进行相关的推断成为可能,今天我们介绍一下如何根据个体的基因组数据,推断个体间的亲缘关系。

2. king软件介绍

官网:http://people.virginia.edu/~wc9c/KING/manual.html

KING is a toolset to explore genotype data from a genome-wide association study (GWAS) or a sequencing project. The latest version is KING 2.2.6 available on March 23, 2021. KING can be used to check family relationship and flag pedigree errors by estimating kinship coefficients and inferring IBD segments for all pairwise relationships. Unrelated pairs can be precisely separated from close relatives with no false positives, with accuracy up to 3rd- or 4th-degree (depending on array or WGS) for --related and --ibdseg analyses, and up to 2nd-degree for --kinship analysis.

3. king软件使用方法

  • 1,plink数据,转换为二进制文件(name.bed, name.fam, name.bim)

  • 2,king软件,使用参数,--related参数,得到king.kin

  • 3,使用R语言对结果进行整理

4. 不同亲缘关系推断依据

文献:http://people.virginia.edu/~wc9c/publications/pdf/BI26_2867.pdf

  • MT:同卵双胞胎
  • PO:亲子
  • Full sib:全同胞
  • 2nd Degree:半同胞,
  • 3rd Degree:
  • Unbrlated:

5. 不同亲缘关系的通俗解释

来源:http://people.virginia.edu/~wc9c/publications/pdf/BI26_2867.pdf

  • MT:同卵双胞胎
  • PO:亲子
  • Full sib:2nd Degree:
  • 3rd Degree:
  • Unbrlated:

6. 运行截图

「结果:」

7. 应用

  • 亲子鉴定
  • 系谱纠偏
  • 亲缘关系推断

因为输入数据是二进制的plink文件,操作十分方便。

欢迎关注我的公众号:育种数据分析之放飞自我。主要分享R语言,Python,育种数据分析,生物统计,数量遗传学,混合线性模型,GWAS和GS相关的知识。


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