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最近为了写基金,把过去的文献重新用Mendeley整理了一下。在Mendeley使用的过程中,踩了一个大坑,现在将摸索过后的使用方法总结一下,供其他同学参考。
1. 文献阅读软件的选择
在整理文献之前,首先碰到的问题是文献阅读软件的选择。目前常用的软件主要有:Endnote,Mendeley,Zotero,Papers和NoteExpress,等。这些软件的优缺点大家可以参考测评[1]。由于我的需求是能够多设备同步,所以多设备同步能力比较差的Endnote和NoteExpress首先被pass。Papers主要适合苹果系统,所以也被pass。剩下的就在Mendeley和Zotero之间选择。查阅了两个软件的同步方法,详见[2-3],Mendeley是通过云同步watchfolder实现,Zotero通过云服务器的WebDav实现同步。由于我用的群辉私有云,不知道怎么开启WebDav,所以就选择了Mendeley。
2. PC1设置
一开始按照文献[2]中的方法来同步文献,但是使用过程中发现该方法存在问题,后面介绍过程的时候具体说明有问题的地方。经过一个星期的摸索,终于搞清楚问题所在,并且较好的实现了多PC的同步。下面具体介绍同步的操作过程。
1)在PC1上安装软件
由于Mendely是开源的,在其网站就可以下载软件。我下载的是1.19.4。下载后根据提示安装就行,安装文件的位置可以自己设置。
2)设置文件存储位置
设置存储位置的功能在Mendeley的Tools/Options/File Organizer中。可以设置的项为:文件存储位置、分类到子文件夹和文件重新命名。
文件存储位置是集中存放读入文件的文件夹,这个位置可以自由设置,但两个PC必须相同,否则后面同步的时候会出问题。
分类到子文件夹是将读入的文献再细分到子文件夹,可以分类的标准可以自己设定,可以是年、作者、文件名或期刊名。除了这四类以外,不可以有其他分类。这个功能可以改进一下,增加自定义标签分类、以及分类的级数。
文件重命名是将读入的文件,根据属性进行重新命名,可以拖动下面的标签进行排序。我喜欢把年放在最前面,所以我的文献名字顺序就是:年-作者-文件名。
3)设置watch folder
watch folder中文献出现变化时,会自动添加到Mendeley的文献列表中。但watch folder和文件存放位置不能是同一个文件夹。我设置的文件存放位置是:Mendeley desktop document;watch folder是Mendeley desktop。如果这两个文件夹相同时,会出现两个PC不停修改文件夹里文献的情况,每次启动Mendeley都需要更新文件夹,文献较多时,速度会非常的慢,Mendeley也会经常卡死。
4)设置同步文件夹
将watch folder中设置的文件夹和云无服务器同步。不同云的设置方法不同,大家可以具体参考云服务器的设置。同步文件夹只能同步watch folder,我一开始把Mendeley data文件夹也同步了,结果出了大问题。
Mendeley data是存储文献标签、修改日期等信息的文件夹,可以设置到指定文件位置。设置方法是win+r调出运行框,在打开中输入regedit,打开注册表;按照路径:HKEY_CURRENT_USER--software--Mendeley Ltd.--Mendeley desktop,找到其位置。新建一个字符串值,将其命名为dataDirection,确定。双击该文件,在其中输入Mendeley data的位置。我设置为:E:\papers\Mendeley data。这样所有的数据就都存储在这个文件夹内。
如果也把这个文件夹同步,这样PC1中的修改会被同步到PC2中。这样操作的问题,一方面是文件很大,同步时间很长,另一方面会引起Mendeley服务器中的内容跟PC2中内容的冲突,引起系统混乱。这是一个很大的坑,千万不要再踩。
5)导入文件
上述步骤设置完成后,通过主界面上的Add导入文件或文件夹。此时,导入的文件存放在文件存放位置中,需要将其手动复制到watch folder中。
PC1中设置完成。
3. PC2设置
在PC1设置完成后,PC2的步骤与PC1类似,先按照PC1设置中的步骤1)到3)在PC2中安装软件,设置存储位置和watch folder位置。所有的位置都需要跟PC1中相同。
接下来在PC2上设置同步文件夹。与PC1中设置类似,在PC2中将watch folder与云服务器中的文件夹同步。设置完成后,PC1中导入文献会被同步到PC2中。PC2会自动将这些文件导入,并同时存到设定的文件存储位置。
通过上面的操作,一般情况下,文件和分组关系都会成功的被同步到PC2中。
4. 文件关联不成功时的处理
我在实际操作中,还出现了一种情况,同步过来以后,文件列表不能关联文件,无法双击文件名打开文件。我参考了[4]中的方法,这种情况的处理方法如下。
(1)在PC1中生成备份。按照路径help--create backup,生成备份文件。
(2)将PC1中备份文件、文件存储位置中文件复制到PC2中,文件存储位置的路径需要与PC1相同。
(3)在PC2中按照路径help--restore backup选择备份文件。系统会自动恢复备份。
等系统重启后,文件列表中就自动关联上相应的文件了。
5. 总结
总的来说,Mendeley是一个不错的软件,论文编辑、加标签等处理都很方便,能够提高文献阅读和使用的效率。但它又不是很容易掌控,网上能参考的资料又很少,需要慢慢摸索才能知道它的特性。
希望我踩过的这个坑对大家能有帮助,如果我给出的介绍中有不对的地方,请大家批评指正。也欢迎大家有问题找我一起讨论,让Mendeley提升大家的科研水平。
参考资料
[1] 6 款主流文献管理软件测评。https://www.biomart.cn/experiment/793/2714581.htm
[2] 有同步云盘辅助的跨设备Mendeley同步。https://blog.csdn.net/qq_15950515/article/details/108172841
[3] 用 Zotero+坚果云搞定多设备文献管理。https://sspai.com/post/64283
[4] Mendeley如何迁移数据。https://blog.csdn.net/zuliang001/article/details/90758960
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