关于Illuminate测序过程一直不明白，这是自己总结的关于Illumina测序的知识，花了好几天的时间，总算理清了。我觉得应该不存在问题。网上搜集的资料鲜有对Illuminate测序过程讲解较清楚的文档，本着知识共享的理念，这里分享自己整理的文档（见附件），希望起到抛砖引玉的作用。我整理的文档比较容易懂，但是测序过程各种各样的引物，而且每个引物的叫法没有统一标准，容易混乱，要真想弄清楚，还是要花些时间（我的文档有些引物的名字是按照我的理解命名的，确保文档从前到后理解方便，只有知道测序原理，才能知道引物来干什么）。
该文档着重讲解 RNA测序 DNA直接测序 区分链（链特异性 strand specific）测序 不区分链（非链特异性 nonstrand specific）测序 单端测序（single end sequencing，SE sequencing） 双端测序（pair end sequencing, PE sequencing） Index等内容，并给出了一套测序的引物。不同测序过程不同，引物碱基组成不一样，但是模式一样。搞懂引物做什么和引物的碱基组成对明白测序过程很重要（这里面涉及很多关于序列的知识 反向 互补 反向互补等）。
这些引物包括如下
TruSeq Universal Adapter
TruSeq Indexed Adapter
PCR Primer 1.0
PCR Primer 2.0
flow cell 锚定 TruSeq Universal Adapter
flow cell 锚定 TruSeq Indexed Adapter
Read 2 Sequencing Primer
Multiplexing Index Read Sequencing Primer
Read 1 Sequencing Primer
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