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lncRNA近几年是研究的热点之热点,凡各种基金、项目申报都会想法设法跟这个大神扯点关系。本文来聊一聊现在热门的几个lncRNA相关的数据库:
1). lncRNAdb: 提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的著名数据库。
2). NONCODE: 提供对长链非编码RNA的全面注释,包括表达以及该团队开发的ncFANs计算软件预测的lncRNA功能。非编码RNA研究的知名数据库。
3). LNCipedia: 对人类的长链非编码RNA的序列和结构全面的注释。
4). LncRNADisease: 提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。
网址: http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease
5). NRED: 提供人和小鼠的长链非编码RNA在芯片数据的表达信息。
网址:http://jsm-research.imb.uq.edu.au/nred/
6). ChIPBase: 提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。
网址:http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/
7) fRNAdb: 收集了包括H-inv,NONCODE 和RNAdb 三个数据库的注释和未注释的非编码转录本。
8) 网址:http://www.ncrna.org/frnadb/
小编推荐网站:http://www.lncrnablog.com/,该网站包含lncRNA研究动态、各种分析工具和数据库。
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