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tophat的使用及参数介绍

2014-11-29 21:33

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TopHat简介:

TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用原代码编译适合自己操作系统的版本。

其上游软件是Bowtie，下游是Cufflinks。

理论上，TopHat是针对Illumina Genome Analyzer而设计的软件，它偶尔也能对其它来源的数据进行分析，但不保证成功。它针对75bp以上长度的短序进行了优化。

在使用TopHat前，必须将Bowtie的可执行文件的目录输出到PATH变量中去，例：

export PATH=$PATH:/share/sbin/bowtie

确保TopHat可以运行bowtie, bowtie-inspect以及bowtie-build。

还需要下载安装samtools。

TopHat的使用范例:

tophat [options]* <ebwt_base> <reads1_1[,...,readsN_1]> [reads1_2,...readsN_2]

TopHat的参数，解释其中一部分:

-o/--output-dir <string>	输出目录。默认值为 “./tophat_out”.
-r/--mate-inner-dist <int>	比对时两成对引物间的距离中值。比如说，如果你的插入片段有300bp，而每个引物有50bp，那么r值就应该是200=(300+50*2)/2。没有默认值，如果是末端配对比对时这个值是必须的。
--mate-std-dev <int>	末端配对时中间插入片段的长度的标准差，默认值为20bp
-a/--min-anchor-length <int>	锚定点长度”anchor length”. TopHat可以判断junction(剪切拼接)。这需要设定锚定点的最短长度，最短不能少于3，默认值为8
-m/--splice-mismatches <int>	锚定点范围内错配的个数。默认值为0
-i/--min-intron-length <int>	最短的内含子长度。默认值为70
-I/--max-intron-length <int>	最长的内含子长度。默认值为500000.
--max-insertion-length <int>	比对时插入错配最长的长度，默认值为3.
--max-deletion-length <int>	比对时缺失的最长长度，默认值为3.

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