tophat的使用及参数介绍
2014-11-29 21:33
阅读:13256
TopHat简介:
TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本,当然也可以使用原代码编译适合自己操作系统的版本。
其上游软件是Bowtie,下游是Cufflinks。
理论上,TopHat是针对Illumina Genome Analyzer而设计的软件,它偶尔也能对其它来源的数据进行分析,但不保证成功。它针对75bp以上长度的短序进行了优化。
在使用TopHat前,必须将Bowtie的可执行文件的目录输出到PATH变量中去,例:
export PATH=$PATH:/share/sbin/bowtie
确保TopHat可以运行bowtie, bowtie-inspect以及bowtie-build。
还需要下载安装samtools。
TopHat的使用范例:
tophat [options]* <ebwt_base> <reads1_1[,...,readsN_1]> [reads1_2,...readsN_2]
TopHat的参数,解释其中一部分:
转载本文请联系原作者获取授权,同时请注明本文来自熊朝亮科学网博客。
链接地址:https://wap.sciencenet.cn/blog-1509670-847277.html?mobile=1
收藏
当前推荐数:0
推荐到博客首页
网友评论0 条评论