Paired ends 是指同一个DNA分子的两头，所以你可以先测一端，然后反过来再测另一端。测的这两条序列就叫做Paired ends. 很多时候，它又被叫做"Mate Paires".

举个例子，
你的测序流程获得了若干的DNA分子，每个DNA的分子~500bp，这时你测DNA分子两头35bp，这时你会获得：

• tag1 序列

• tag2 序列

• tag1加上tag2，连同中间的区域为~500bp
  

正常来说我们可以试着把这tag1和tag2回贴到基因组上~500bp的区域。

但是某些时候，library的信息，跟我们实际回贴的结果是不一样的。这样的不一致可以有效地检测出大的结构变异，例如Insertion、Deletion、Inversion等。譬如说

• 当我们把tag1，tag2回贴到基因组上1000bp的区域上时，这可能暗示着你的基因组有着deletion

• 若是tag1，tag2回贴到基因组上200bp的区域上时，暗示着你的基因组有Insertion

Paired-end测序不仅解决了一次测序不能测很长的问题，又能带来结构变异等新的发现。总而言之，相当巧妙的想法！！

附图是illumina的paired-ned测序图解。其中黄色的SP1和蓝色的SP2即为所测的两个tag。

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