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狨猴Callithrix jacchus基因组测序研究成果发布在NG上

已有 2957 次阅读 2014-7-25 10:19 |个人分类:动物基因组测序研究进展|系统分类:科研笔记| 狨猴基因组测序, 狨猴, 灵长类基因组, 基因组比较分析

2014年7月20日,狨猴Callithrix jacchus基因组测序研究成果发布在Nature Genetics上。

 

该研究针对一个雌性普通狨猴 (Callithrix jacchus)基因组序列进行测序,其基因组大小为2.26Gb,是采用全基因组shotgun测序策略完成,Sanger测序平均测序深度为6×,组装获得90%的狨猴基因组序列,contig N50为29 kb、scaffold N50 为6.7 Mb。

 

1)全基因组测序:

    a. 取材:雌性狨猴个体血液DNA;与该雌性狨猴个体为双胞胎的雄性个体血液DNA;

    b. 全基因组测序:ABI3730 Sanger测序,26.7 million sequence reads,reads平均读长为700bp;

2)microRNA测序:

    a. 样本信息:A07-716monkB,3.2龄,雄性;A09-122monkB,12.8龄,雌性;A08-206monkB,13.4龄,雄性;A08-337monkB,13龄,雌性,这四个样本中取前额叶皮层的大脑组织;还有两个胎盘组织。

    b. microRNA测序:Illumina 1G Genome Analyzer 36bp测序。

 

对于其基因组所开展的分析,首先是将狨猴基因组和猿类以及非洲猴类进行基因组比较分析,鉴定获得狨猴这种小型灵长类一些独特的生物学特征,如遗传改变可以影响体形的大小、高频孪生体或嵌合体等特点。研究发现在生长激素-胰岛素样生长因子(生长途径)、呼吸复合物I基因(代谢途径),码免疫因子和蛋白酶(生殖和免疫途径)的基因中存在正选择。此外,与繁殖相关的蛋白质编码的microRNA基因中存在快速演化序列的证据。狨猴基因组序列便于为美洲猴和现有灵长类动物的基因组之间进行比较分析,有利于运用至生物医学研究中。

 

Abstract:We report the whole-genome sequence of the common marmoset (Callithrix jacchus). The 2.26-Gb genome of a female marmoset was assembled using Sanger read data (6×) and a whole-genome shotgun strategy. A first analysis has permitted comparison with the genomes of apes and Old World monkeys and the identification of specific features that might contribute to the unique biology of this diminutive primate, including genetic changes that may influence body size, frequent twinning and chimerism. We observed positive selection in growth hormone/insulin-like growth factor genes (growth pathways), respiratory complex I genes (metabolic pathways), and genes encoding immunobiological factors and proteases (reproductive and immunity pathways). In addition, both protein-coding and microRNA genes related to reproduction exhibited evidence of rapid sequence evolution. This genome sequence for a New World monkey enables increased power for comparative analyses among available primate genomes and facilitates biomedical research application.

 

新浪博客:http://blog.sina.com.cn/s/blog_13366249a0102uxbj.html


文献链接:The common marmoset genome provides insight into primate biology and evolutionCallithrix jacchus狨猴基因组测序.pdf,如不能下载文献请随时联系我ttwu@macrogencn.com,谢谢!

生物通报道:科学家完成普通狨猴全基因组测序




https://wap.sciencenet.cn/blog-1333578-814503.html

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