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20140417-Cancer each chr mC position

已有 1448 次阅读 2014-4-17 16:03 |个人分类:python|系统分类:科研笔记

import os

import os.path

import re

os.chdir('D:Cancer DataAcute Myeloid eukemia—dataDNA_Methylation')

f=open('jhu-usc.edu_LAML.HumanMethylation450.2.lvl-3.TCGA-AB-2802-03A-01D-0741-05.txt','r')

fy=open('cancer chrY mC position','w+')

line=f.readlines()

matchpattern=re .compile(r'^Y$')

for line0 in line:

   line_0=line0.split()

   if matchpattern.search(line_0[3]):

       fy.write(line0)

f.close()

fy.close()




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