低消化性碳水化合物在小肠中不完全或不被吸收，在结肠中发酵。它们通常具有良好的耐受性，但也可能因其自然渗透势和/或过度发酵而产生一些与剂量相关的不良反应，如过度胀气、腹胀、腹部绞痛，最终导致腹泻。由于吸收能力、运动模式、结肠反应和肠道敏感性的差异，受试者对低可消化碳水化合物的耐受性存在重要的受试者间差异。受试者之间也存在很大的差异，这取决于低消化碳水化合物的类型、剂量和消费类型。低消化性碳水化合物在小肠的吸收可以通过氢呼气试验或插管技术或回肠造口排出物的分析来评估。需要双盲、安慰剂对照研究来评估不耐受的主观症状，实验条件可能会影响结果（Marteau and Flourié. 2001.）。
Stephen等人为了量化未被吸收的进入结肠的膳食淀粉，在7名健康志愿者在回盲部附近放置了一个多腔管。标记液缓慢灌注，在抽吸部位上方20-40厘米处，通过标记物稀释，估计通过回肠的流量。连续几天，受试者吃含20或60g淀粉的液体食物；空腹5-6小时和餐后4-7小时对回肠分泌物进行淀粉和葡萄糖分析。体积和碳水化合物浓度用于计算穿过回肠的总碳水化合物。在不同的受试者中，小餐的未吸收碳水化合物为453-4,023 mg（2.3%-20.1%，平均9.3%），大餐1,332-6,352 mg（2.2%-10.4%，平均6.0%）。在4名志愿者中，分别在蔗糖（50g）、乳果糖（26g）和20g餐后进行氢呼气试验。乳果糖增加了排氢量；蔗糖和试验餐没有增加。他们的结论是2%-20%的膳食淀粉无法在小肠中吸收（Stephen, et al. 1983.）。
对摄入含有不可吸收碳水化合物的固体食物后获得的呼气氢谱的解释
Read等人通过检测呼气氢排泄量，研究了89名正常受试者和11名肠易激综合征患者在固体试验餐残留物进入结肠的信息的程度进行了调查。在89%的受试者中，呼气氢浓度曲线显示出一个早期峰值，即在摄入试验餐后不久。随后，呼气中的氢浓度出现了更持久的上升。早期峰值出现在试验餐中的放射性标记物到达盲肠之前，数据表明，这主要是由于前一餐的残余物从回肠排空到结肠。这一假设得到了12人末端回肠造口术患者回肠造口流出物输送率的直接测量支持。然而，碳水化合物在口腔中的发酵可能有助于形成初始峰值，但通过从鼻孔收集气体样本可以避免这种影响。呼气排氢第二次升高与放射性标志物到达盲肠密切相关（r=0.91，p<0.001），但呼气排氢第二次高峰出现的时间与所有放射性试验餐进入结肠的时间相关性较差。当乳果糖直接注入结肠时，仅0.5g就会产生明显的氢反应，这种反应发生在输注后两分钟内。5名受试者结肠灌注50毫升10%乳果糖溶液的速率从0.02 g/min增加到0.15 g/min，显著增加呼气氢浓度。当输注速率低于0.075g乳果糖/分钟时，呼气氢反应峰值出现在输注结束之前，而在较高输注速率下，氢反应峰值出现在输注结束后。这项研究证实，监测呼气中的氢浓度可以有效地指示含未被吸收碳水化合物的膳食到达结肠所需的时间，但它不能可靠地表明所有膳食进入结肠的时间。使用呼气氢浓度的最大增加值作为碳水化合物吸收不良程度的指标，假设进入结肠的速率是一致的（Read, et al. 1985.）。
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