肠抽吸检查是一种侵入性检查小肠细菌过度生长的方法，是一种直接检查小肠细菌过度生长的方法。被认为比氢和甲烷呼气试验更准确的诊断小肠细菌过度生长，曾经被作为检查小肠细菌过度生长的“金标准”。
空肠抽吸检查一般在上消化道内窥镜检查同时进行。需要从小肠的中间部分取一个或数个液体样本。然后做细菌培养，评估是否存在细菌。在常规的临床实践中，相对于研究，医生可能更倾向于从十二指肠（小肠的第一部分）而不是空肠取样。
空肠抽吸细菌培养，虽然被认为是诊断小肠细菌过度生长的“金标准”，但是，在准确识别小肠细菌过度生长方面也有其局限性。因为细菌在小肠分布不均匀，有结肠逆流的细菌主要在小肠远端，且细菌培养，特别是厌氧菌培养的要求条件容易受到外界感染，综合这些情况，都可能导致假阴性的结果。所以，空肠抽吸细菌培养是一种可以肯定，不能否定的检查技术。假阴性测试结果的其他原因还包括样本不够大或所用培养物中某些细菌无法生长。如果由于口腔中、所用仪器上的细菌或样品处理不当导致样品污染，则可能出现假阳性。
空肠抽吸细菌培养检查前的准备抽吸程序与氢和甲烷呼气试验相似。唯一的潜在差异是了解是否有胃轻瘫。在这种情况下，可能会被建议在检查的前连续三天遵循液体饮食。检查在胃镜中心进行。在身体上放置监视器，监视呼吸、心率和血压。静脉注射镇静剂，保持患者或受试者放松。接下来，按照胃镜检查的方法，插入一根细抽吸导管从小肠抽取液体样本。检查完成后，可以休息一段时间，让麻醉消失。重要的是要知道，因为程序需要镇静，你将不被允许开车。回家后，应该尽量减少活动。有些人会有轻微的副作用，如胀气、腹胀、抽筋或喉咙疼痛。如果遇到任何严重、不寻常或令人担忧的症状（如呕吐或咳血），需要立即与医生联系解决。
空肠抽吸细菌培养的方法出结果需要数天，虽然一般认为是安全的，但仍然比氢和甲烷呼气试验有更多的风险。由于上述原因，空肠抽吸一般不使用，除了做一些研究，也一直没有在临床推广，做到普及使用。在2017年发布的《北美共识》提出目前的小肠培养技术不适合于评估小肠细菌过度生长。在确定真正的金标准之前，建议用呼气试验诊断小肠细菌过度生长和评估胃肠道是否存在对抗生素有反应的微生物定植。《北美共识》还提出，与呼气试验不同，小肠吸入方法具有侵入性，耗时且成本高昂。此外，小肠吸引术也有许多缺点。小肠中、远端部分超出常规内窥镜可以到达的范围；因此，近端小肠吸引物的检查结果可能为假阴性。尽管已经描述了小肠抽吸的无菌技术，但口腔和食管菌群污染可能导致大量假阳性结果。定量PCR研究已被用于诊断小肠细菌过度生长，有着良好的结果；然而，这种技术还不容易用于临床实践（Rezaie, et al. 2017.）。
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