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AFEchidna示例16 -- 如何计算各种遗传参数及其标准误差

已有 630 次阅读 2021-10-14 17:27 |个人分类:Echidna|系统分类:科研笔记

只要知道遗传参数的计算公式,通过AFEchidna的pin函数来求解是非常方便的。

下面以双性状为例,演示遗传相关、遗传力、遗传变异系数、遗传增益等参数的计算:


// bi-trait

res12<-echidna(cbind(h3,h4)~Trait+Trait:Rep,

               random=~us(Trait):Fam,

               residual=~units.us(Trait),

               predict='Fam',mulT=T,

               qualifier = '!filter Spacing !select 1',

               es0.file="fm.es0")


计算遗传相关,以及性状h3的各种遗传参数:


// genetic parameter

pin(res12, mulp=c(gcor~V3/sqrt(V2*V4),

                  gcv.h3~100*sqrt(V2)/mup.h3,

                  h2.h3~4*V2/(V2+V5),

                  delG.h3m~4*V2/(V2+V5)*(mus.h3-mup.h3),

                  delG2.h3p~100*4*V2/(V2+V5)*(mus.h3-mup.h3)/mup.h3)

     )

)


运行结果:


// results

> pin(res12, mulp=c(gcor~V3/sqrt(V2*V4),

+                   gcv.h3~100*sqrt(V2)/mup.h3,

+                   h2.h3~V2*4/(V2+V5),

+                   delG.h3m~4/(V2+V5)*(mus.h3-mup.h3),

+                   delG2.h3p~100*4/(V2+V5)*(mus.h3-mup.h3)/mup.h3)

+ )

variance components are as following:

                       Term   Sigma      SE vcS

1                  Residual    1.00   0.000  V1

2   us(Trait):Fam;us(Trait)  132.43  56.428  V2

3   us(Trait):Fam;us(Trait)  168.81  75.851  V3

4   us(Trait):Fam;us(Trait)  243.39 115.710  V4

5 units:us(Trait);us(Trait) 1589.10 100.300  V5

6 units:us(Trait);us(Trait) 1964.20 138.080  V6

7 units:us(Trait);us(Trait) 3596.00 226.990  V7


pin formula: 

gcor ~ V3/sqrt(V2 * V4)

gcv.h3 ~ 100 * sqrt(V2)/mup.h3

h2.h3 ~ 4 * V2/(V2 + V5)

delG.h3m ~ 4 * V2/(V2 + V5) * (mus.h3 - mup.h3)

delG2.h3p ~ 100 * 4 * V2/(V2 + V5) * (mus.h3 - mup.h3)/mup.h3


        Term Estimate     SE

1       gcor    0.940 0.0612

11    gcv.h3    4.533 0.9660

12     h2.h3    0.308 0.1250

13  delG.h3m    7.750 3.1560

14 delG2.h3p    3.053 1.2430


上述结果中,gcor为遗传相关,gcv.h3、h2.h3、delG.h3m、delG.h3p分别为性状h3的遗传变异系数、单株遗传力、遗传增益及遗传增益百分比。




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