根据《森林遗传学》（怀特等人著）书中公式13.3，公式如下：
Δ G = h 2 S = h 2 ∗ ( μ s − μ p )
上式除于群体均值，就可得到百分比的结果：
Δ G 2 = 100 ∗ h 2 S / μ p = 100 ∗ h 2 ∗ ( μ s − μ p ) / μ p
基于上述公式，就可通过AFEchidna计算遗传增益及其标准误。
下文，通过一个简单的例子演示如何实现：
// An example
pm.esr<-echidna(fixed=height~1+Prov,
random=~Female+Block+Female:Block,
residual=~units,
es0.file='Provenance.es0')
遗传力的计算:
// heritability
pin(pm.esr, mulp=c(h2~4*V3/(V1+V3+V4)))
# Term Estimate SE
# 1 h2 0.260 0.110
入选材料均值和群体均值的计算，以入选3个家系为例：
// count mean
Fem.mv<-aggregate(height~Female,data=df,mean)
mu.p<-mean(Fem.mv$height)
raneff<-coef(pm.esr)$random
gca<-raneff %>% dplyr::filter(Term=='Female') %>%
arrange(-Effect)
sfem<-gca$Level[1:3]
Fem.s<-dplyr::filter(Fem.mv,Female %in% sfem)
mu.s<-mean(Fem.s$height)
遗传增益的计算:
pin(pm.esr, mulp=c(h2~4*V3/(V1+V3+V4),
delG.m~(mu.s-mu.p)*4*V3/(V1+V3+V4),
delG2.p~100*(mu.s-mu.p)*4*V3/((V1+V3+V4)*mu.p)
))
# Term Estimate SE
# 1 h2 0.260 0.1100
# 11 delG.m 0.181 0.0767
# 12 delG2.p 1.733 0.7320
计算结果显示：遗传增益为0.18±0.08 m，百分比结果为1.73±0.73 %。
AFEchidna包免费对外开放，仅用于学术研究，不可用于商业研究，否则造成的后果自负。
感兴趣者，可通过博文AFEchidna包的在线安装进行AFEchidna的在线安装。
参考文献：
Zhang WH, Wei RY, Liu Y, Lin YZ. AFEchidna is a R package for genetic evaluation of plant and animal breeding datasets. BioRxiv. DOI: 10.1101/2021.06.24.449740.
转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自林元震科学网博客。
链接地址：https://wap.sciencenet.cn/blog-1114360-1305931.html?mobile=1
收藏
