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遗传增益(genetic gain)如何计算标准误?

已有 816 次阅读 2021-9-27 22:00 |系统分类:科研笔记

根据《森林遗传学》(怀特等人著)书中公式13.3,公式如下:


Δ G = h 2 S = h 2 ∗ ( μ s − μ p ) 


上式除于群体均值,就可得到百分比的结果:

Δ G 2 = 100 ∗ h 2 S / μ p = 100 ∗ h 2 ∗ ( μ s − μ p ) / μ p 


基于上述公式,就可通过AFEchidna计算遗传增益及其标准误。


下文,通过一个简单的例子演示如何实现:


// An example

pm.esr<-echidna(fixed=height~1+Prov,

                random=~Female+Block+Female:Block,

                residual=~units,

                es0.file='Provenance.es0')


遗传力的计算:


// heritability

pin(pm.esr, mulp=c(h2~4*V3/(V1+V3+V4)))

#   Term Estimate    SE

# 1   h2    0.260 0.110


入选材料均值和群体均值的计算,以入选3个家系为例:


// count mean

Fem.mv<-aggregate(height~Female,data=df,mean)

mu.p<-mean(Fem.mv$height)


raneff<-coef(pm.esr)$random

gca<-raneff %>% dplyr::filter(Term=='Female') %>%

 arrange(-Effect)

sfem<-gca$Level[1:3]

Fem.s<-dplyr::filter(Fem.mv,Female %in% sfem)

mu.s<-mean(Fem.s$height)


遗传增益的计算:


pin(pm.esr, mulp=c(h2~4*V3/(V1+V3+V4),

                   delG.m~(mu.s-mu.p)*4*V3/(V1+V3+V4),

                   delG2.p~100*(mu.s-mu.p)*4*V3/((V1+V3+V4)*mu.p)

                   ))


#      Term Estimate     SE

# 1       h2    0.260 0.1100

# 11  delG.m    0.181 0.0767

# 12 delG2.p    1.733 0.7320


计算结果显示:遗传增益为0.18±0.08 m,百分比结果为1.73±0.73 %。


AFEchidna包免费对外开放,仅用于学术研究,不可用于商业研究,否则造成的后果自负。


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参考文献:

Zhang WH, Wei RY, Liu Y, Lin YZ. AFEchidna is a R package for genetic evaluation of plant and animal breeding datasets. BioRxiv. DOI: 10.1101/2021.06.24.449740.




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